iTOL基本用法已经会了,之前记录过一点:系统发育(进化)树绘制小结。最近重用,调图时又发现了些细节,记录下备忘。
1. 注册
不注册也可用,但注册登录可保存树在itol网站上。
2. 去枝长
进化树能展示枝长是最好的,能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的,也可以理解,样本太多,展示不好看。
处理前:
处理后:
3. 加图例
对进化树添加分类后的注释,图片的图例是需要自己设置的。不然就只能导出,用其他软件添加,或用文字说明。
比如这里我注释三圈,最内圈用range,外两圈用strip(不懂的看之前文章或看itol示例注释)。两部分设置有点不同。
range的注释图例可点开legend即可。可以用鼠标自由移动图例的相对距离。
strip的注释图例,需要自定义,如果有多重注释,注意看选择的是哪个数据集就对该数据集进行设置。最后同样的,图例位置可自由移动。
4. 无根树颜色
材料过多时,我们常用无根树来展示,这时一般展示枝长。很简单,去标签,注释上色即可。
直接拖拽注释文件上色。
但是由于树枝太多密集,颜色显示不是很明显。需要做一点调整:将线型调小一点。
此外,还可以尝试做一些高级调整,如去掉标尺、旋转图片角度等。
但因为无根树去掉了标签(样本名称),所以没有range注释,只有strip类型,需要手动设置图例(见上)。或者不用图例,直接在图片备注中说明即可。
5. 导出图片
当你要导出pdf、png等有长宽位置信息类型图片时,最好选择Full image,它会自动设置配置合适你的图片大小。如果用screen,那么在网页上是什么样,导出就是什么样,你不好把握尺寸。
另外,如果是png,分辨率也有必要设置一下,尽量大点。