• 【WEGO】GO注释可视化


    导入数据

    BGI开发的一款web工具,用于可视化GO注释结果。自己平时不用,但要介绍给别人,简单记录下要点,避免每次授课前自己忘了又要摸索。

    地址:http://wego.genomics.org.cn/

    image.png

    导入文件到灰色框中,可同时导入多个文件进行比较(点一次弹出一次)。支持多种文件格式导入,如果是自己导入,可另存为txt导入,通常我们做GO注释后,会有这样一个基因和GO对应关系的文件:
    image.png

    如果是要做个样本比较的话,每个样本一个文件导入,这样才好比较。

    也可用Launch WEGO Demo直接用demo数据,默认GAF Format,这是InterProscan注释的结果文件,打开的话也是同上一个基因对应多个GO编号的格式。

    WEGO目前支持常见9种物种的可视化。一般导入文件后,系统会自动根据GO编号识别,无需选择物种。如果选择物种,系统会将物种全部GO注释结果作为一个样本可导入的样本比较。

    可视化

    提交后,得到如下结果。如果基因数目多,可能会花费一段时间。
    image.png
    最上方是注释的结果,包括每个样本全部注释的情况和三个本体注释结果。

    GO Tree是以树的形式展示结果,GO term是分层级的,三个本体是Level 1,依次下去Level 2——Level 6。Show GO Level是说要展示到第几层级结果,如下图,展示到Level 4,注意要点击Display按钮。
    image.png

    后一个按钮Select GO Level是说我们要选择第几层结果,比如我选择2,点击Select按钮后,就只选择了所有Level 2结果:
    image.png

    三个本体都是这样的:
    image.png

    Graph就是可视化结果。这个结果是基于以上选择的Level做出来的。
    image.png
    大小、主题、颜色、标签、导出格式等都可自己选择。

    而且,还有一个富集分析的柱形图结果,阈值什么的都可以自己调整。
    image.png

    很简单有木有?其实官网的文档也介绍得很详细了,不懂去看看。可是我英语很烂,头疼。。。
    image.png

  • 相关阅读:
    [leetcode]Largest Number
    [leetcode]Second Highest Salary
    [leetcode]Combine Two Tables
    [leetode]Binary Search Tree Iterator
    [leetcode]Excel Sheet Column Number
    [leetcode]Two Sum III
    [leetcode]Majority Element
    Mysql5.7.26解压版(免安装版)简单快速配置步骤,5分钟搞定(win10-64位系统)
    APP移动端自动化测试工具选型“兵器谱”一览(主流开源工具)
    Jmeter+jenkins如何快速搭建接口和性能测试持续集成解决方案-[基于windows篇]
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12116298.html
Copyright © 2020-2023  润新知