[R] 如何快速生成许多差异明显的颜色？

这个需求真的太常见了！注意问题强调的几个关键词：一是快速，二是大量，三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析：

方法一：自定义

自定义颜色：优点是选择差异明显的颜色，缺点是费时费力，不知选多少种，眼睛都要挑花。
R的颜色板很多网站都可以查，随意搜一个贴上：https://www.sojson.com/rgb.html

cb_palette <- c("#ed1299", "#09f9f5", "#246b93", "#cc8e12", "#d561dd", "#c93f00", "#ddd53e",
                "#4aef7b", "#e86502", "#9ed84e", "#39ba30", "#6ad157", "#8249aa", "#99db27", "#e07233", "#ff523f",
                "#ce2523", "#f7aa5d", "#cebb10", "#03827f", "#931635", "#373bbf", "#a1ce4c", "#ef3bb6", "#d66551",
                "#1a918f", "#ff66fc", "#2927c4", "#7149af" ,"#57e559" ,"#8e3af4" ,"#f9a270" ,"#22547f", "#db5e92",
                "#edd05e", "#6f25e8", "#0dbc21", "#280f7a", "#6373ed", "#5b910f" ,"#7b34c1" ,"#0cf29a" ,"#d80fc1",
                "#dd27ce", "#07a301", "#167275", "#391c82", "#2baeb5","#925bea", "#63ff4f")

方法二：RColorBrewer包

利用RColorBrewer包中的面板。

library(RColorBrewer)
display.brewer.all()

查看颜色面板有：

从中选择颜色区分差异大的面板，也是需要自己挑选，而且数目相对较少：

brewer.pal(9, "Set1") #只有9个
c(brewer.pal(9, "Set1") ,brewer.pal(9, "Set3") ) #也可结合，但颜色区分不大，数目也还是少
colorRampPalette(c("red", "green"))(5)

rainbow(60) #彩虹色很容易生成，但数目一多很难区分，因为是渐变的。

可以结合这些面板，稍微处理下筛选：

library(RColorBrewer)
qual_col_pals = brewer.pal.info[brewer.pal.info$category == 'qual',]
#处理后有73种差异还比较明显的颜色，基本够用
col_vector = unlist(mapply(brewer.pal, qual_col_pals$maxcolors, rownames(qual_col_pals))) 
#看下中间60种颜色的效果
pie(rep(1,n), col=sample(col_vector, 60))

方法二得到的图：

方法三：randomcoloR

综合来说，这种方法是最合适的吧，也最省代码。但颜色太多的话，必定是有很多近似的。而且这种方法不能重复得到结果，因为是随机生成的嘛，即使设置种子也不行。

library(randomcoloR)
palette <- randomColor(count = 60)  #随机生成60种颜色，其实里面有重复的
palette <- distinctColorPalette(60) #差异明显的60种

这个问题貌似很难完美解决，毕竟主要的颜色也就那么几种。以下是第三种方法得到的图:

方法四：ggsci组合图

library(ggsci)
colpalettes<-unique(c(pal_npg("nrc")(10),pal_aaas("default")(10),pal_nejm("default")(8),pal_lancet("lanonc")(9),
                      pal_jama("default")(7),pal_jco("default")(10),pal_ucscgb("default")(26),pal_d3("category10")(10),
                      pal_locuszoom("default")(7),pal_igv("default")(51),
                      pal_uchicago("default")(9),pal_startrek("uniform")(7),
                      pal_tron("legacy")(7),pal_futurama("planetexpress")(12),pal_rickandmorty("schwifty")(12),
                      pal_simpsons("springfield")(16),pal_gsea("default")(12)))

pie(1:219,col = colpalettes)

Ref: https://stackoverflow.com/questions/15282580/how-to-generate-a-number-of-most-distinctive-colors-in-r