对于概念去看白书或者论文吧（《后缀数组——处理字符串的有力工具》by:罗穗骞）
这里放上模板，一些解释在注释里。
#include <cstdio>
#include <cstring>
#define for1(i,a,n) for(i=a;i<=(n);++i)
#define for2(i,a,n) for(i=a;i<(n);++i)
#define for3(i,a,n) for(i=a;i>=(n);--i)
#define for4(i,a,n) for(i=a;i>(n);--i)
#define CC(i,a) memset(i, a, sizeof(i))
#define min(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))
using namespace std;
const int N=1000000;
char s[N];
int sa[N], t1[N], t2[N], c[N], r[N], height[N], rank[N];
void hz(int* r, int n, int m) {
int i, j, p, *x=t1, *y=t2, *t;
for2(i, 0, m) c[i]=0;
for2(i, 0, n) c[ x[i]=r[i] ]++; //给排名为x[i]的计数
for2(i, 1, m) c[i]+=c[i-1]; //将计数数组c累加，目的是给sa提供下标
for3(i, n-1, 0) sa[ --c[x[i]] ]=i; //sa数组用c提供的名次下标更新原数组下标
for(j=1, p=0; j<=n && p<n; j<<=1, m=p) { //p<n时退出，因为此时排名已经不同，此优化很重要，并且每一次将m更新为最大值p
p=0;
for2(i, n-j, n) y[p++]=i; //y数组充当第二关键字的sa数组，这里是初始化那些没有第二关键字的，即第二关键字为0的，所以他们最小放在前面
for2(i, 0, n) if(sa[i]>=j) y[p++]=sa[i]-j; //因为是第二关键字，所以要标到第一关键字的下标来
for2(i, 0, m) c[i]=0; //同之前的基数排序一样
for2(i, 0, n) c[ x[y[i]] ]++; //用第二关键字的下标引导rank，找到对应第一关键字的rank累计
for2(i, 1, m) c[i]+=c[i-1]; //同上
for3(i, n-1, 0) sa[ --c[x[y[i]]] ]=y[i]; //sa数组用c提供的 第二关键字尽量大中的 第一关键字下标 的名次更新到这个这个 第二关键字尽量大中的 第一关键字下标
for(t=x, x=y, y=t, p=1, x[sa[0]]=0, i=1; i<n; ++i) //y数组可以不要了，将它赋值为这一次的rank，x数组作为下一个rank数组，所以更新
x[sa[i]]=y[sa[i]]==y[sa[i-1]]&&y[sa[i]+j]==y[sa[i-1]+j]?p-1:p++; //当第一关键字的rank相等并且第二关键字的rank相等说明这个下标的rank和其中一个相等，所以名次还是为上一个
}
}
void getheight(int n) {
int i, j, k;
for1(i, 1, n) rank[sa[i]]=i; //因为sa下标从1开始，rank下标从0开始，值域从1开始
for(k=i=0; i<n; height[rank[i++]]=k) //根据h[i]>=h[i-1]-1，我们循环的是h[i]，所以h[i-1]不需保存，其中h[i]我们用k来代替了
for(k?k--:0, j=sa[rank[i]-1]; s[i+k]==s[j+k]; k++); //因为h[i-1]-1是.............（自己看论文或白书去）。我们只需要根据前一个后缀来更新最大前缀。
}
int main() {
scanf("%s", s);
int i, n=strlen(s);
for2(i, 0, n) r[i]=s[i]-'a'+1; //这里的r随便，如果知道范围的话，c数组可以相应的开小一些，我这里直接27了。。
hz(r, n+1, 27); //为了让sa的下标从1开始，我们插入了一个比所有字符还要小的字符到末尾，所以sa的下标就从1开始了，方便计算height而不会导致越界～
//...
getheight(n);
//...
return 0;
}
例题：