（1）当自己写的工程中没有引用别人的jar包时
选中工程---->右键，Export...--->Java--->选择JAR file--->next-->选择jar file的路径及名称（就是要存储的地方和名字）-->next-->next--- 选择Main class--->finish.
（2）当自己写的工程中引用别人的jar包时
首先，要将自己生成的jar包和引用到的别人的jar包放在同一文件夹下
其次，生成main文件：
选中工程---->右键，Export...--->Java--->选择JAR file--->next-->选择jar file的路径及名称-->next-->next--- 选择Main class，此时来到了要选择Main class的窗口，这里点选对应本工程的Main class，选择最上方的Generate the manifest file（生成清单文件）, 勾上Save the manifest in the workspace（将清单保存在工作空间中）,在Manifest file（清单文件）：中输入file的名称，如/testProject/main,（其中testProject为工程名,main为manifest file的名称）点击finish。
生成的jar文件一运行就会产生错误：couldn't find main class
再次回到工程，打开刚刚生成的main，在这里要输入如下信息：
Manifest-Version: 1.0
Main-Class: com.pacong.convert.auto.propertes.ConvertAutoProperties
以上两行为自动生成其中，Manifest-Version: 1.0为刚刚自动生成的manifest版本号；
Main-Class: com.pacong.convert.auto.propertes.ConvertAutoProperties为Main class所在类；
然后我们添加下面的这一行
Class-Path: jxl.jar gephi.jar
Class-Path: jxl.jar为外部jar包名称，这里是告诉导出的jar包，所要用到的外部的jar包的路径及名称,引用多个包用空格隔开
上面都做完了就可以导出带外部jar包的jar包了
注意：
Main-Class:,Class-Path:后面有且只有一个空格，不然会提示格式错误
最后必须有换行，不能有空格. 这个也是要注意的. 否则依然提示没有mainclass
最后，再次导出jar，覆盖刚刚导出的jar包
选中工程--->右键，Export--->Java--->JAR file--->选择jar file的路径及名称--->next--->next--->next，这时又来到了选择main class的窗口，但这里也不选择main class，选择Use existing manifest from workspace，在Manifest file:里选择刚刚生成的main,如：/testProject/main，点击finish，到此就大功告成啦；假设生成的jar包的名称为test.jar，那么Class-Path中引入的jxl.jar要和test.jar位于同一个目录下。
本文内容参考：http://blog.csdn.net/luoweifu/article/details/7791712