Java Web应用程序需要部署在Java web服务器中运行，常用的Java Web服务器有Tomcat、GlassFish、WebLogic、JBoss、WebSphere、Jetty、JRun等。
Tomcat：http://tomcat.apache.org/
Tomcat是Apache 软件基金会（Apache Software Foundation）的Jakarta 项目中的一个核心项目，由Apache、Sun 和其他一些公司及个人共同开发而成。由于有了Sun 的参与和支持，最新的Servlet 和JSP 规范总是能在Tomcat 中得到体现，Tomcat 5 支持最新的Servlet 2.4 和JSP 2.0 规范。因为Tomcat 技术先进、性能稳定，而且免费，因而深受Java 爱好者的喜爱并得到了部分软件开发商的认可，成为目前比较流行的Web 应用服务器。目前最新版本是7.0。
GlassFish：http://glassfish.java.net/
GlassFish 是一款强健的商业兼容应用服务器，达到产品级质量，可免费用于开发、部署和重新分发。GlassFish 用于构建 Java EE 5 应用服务器的开源开发项目的名称。它基于 Sun Microsystems 提供的 Sun Java System Application Server PE 9 的源代码以及 Oracle 贡献的 TopLink 持久性代码。该项目提供了开发高质量应用服务器的结构化过程，以前所未有的速度提供新的功能。这是对希望能够获得源代码并为开发 Sun 的下一代应用服务器（基于 GlassFish）作出贡献的 Java 开发者作出的回应。该项目旨在促进 Sun 和 Oracle 工程师与社区之间的交流，它将使得所有开发者都能够参与到应用服务器的开发过程中来。
WebLogic：http://www.bea.com/
WebLogic是美国bea公司出品的一个application server确切的说是一个基于Javaee架构的中间件，BEA WebLogic是用于开发、集成、部署和管理大型分布式Web应用、网络应用和数据库应用的Java应用服务器。将Java的动态功能和Java Enterprise标准的安全性引入大型网络应用的开发、集成、部署和管理之中。
JBoss：http://www.jboss.org/
JBoss是全世界开发者共同努力的成果，一个基于J2EE的开放源代码的应用服务器。 因为JBoss代码遵循LGPL许可，可以在任何商业应用中免费使用它，而不用支付费用。2006年,Jboss公司被Redhat公司收购。JBoss是一个管理EJB的容器和服务器，支持EJB 1.1、EJB 2.0和EJB3.0的规范。但JBoss核心服务不包括支持servlet/JSP的WEB容器，一般与Tomcat或Jetty绑定使用。
WebSphere:http://www.ibm.com/software/websphere
WebSphere 是 IBM 的软件平台。它包含了编写、运行和监视全天候的工业强度的随需应变 Web 应用程序和跨平台、跨产品解决方案所需要的整个中间件基础设施，如服务器、服务和工具。WebSphere 提供了可靠、灵活和健壮的软件。
Jetty:http://www.eclipse.org/jetty/
Jetty 是一个开源的servlet容器，它为基于Java的web内容，例如JSP和servlet提供运行环境。Jetty是使用Java语言编写的，它的API以一组JAR包的形式发布。开发人员可以将Jetty容器实例化成一个对象，可以迅速为一些独立运行（stand-alone）的Java应用提供网络和web连接。
JRun：http://www.adobe.com/products/jrun/
JRun是由Allaire公司开发的JAVA服务器软件，它支持JSP1.1、Servlet2.2规范，目前最新的版本是JRun4，但是它的下载是要付费，它是Micromedia的一个应用服务器，它基于Sun公司的Java2平台企业版(J2EE)。JRun由Java服务器页面(JSP)，Java servlet，企业版JavaBean，Java事务服务(JTS)，和Java消息服务(JMS)组成。JRun和许多最流行的Web服务器一起合作，其中包括Apache，Microsoft的Internet信息服务器(IIS)，以及任何其他支持Internet服务器应用程序接口(ISAPI)或Web的公共网关接口(CGI)的Web服务器。
JRun有4个版本：开发者，专业，高级和企业版。开发者版本包括了整个的JRun包，但是它只对开发使用具有权限，并且限制在3个并发的连接。高级版本是为在机群服务器环境中配置JSP和servlet应用程序而设计的。只使用一个服务器上的servlet和基于JSP的Web应用程序的公司应该使用专业版。建立和展开电子商务Java应用程序的公司可以使用企业版。
Allaire公司先被Macromedia公司，然后Macromedia又被Adobe公司收购，故该软件现归Adobe公司所有。