从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

R，治世能臣；Cytoscape，乱世奸雄，两位爱卿可否通力协作，助我顺利毕业？然也！

最近在Cytoscape的mail-list上一个很热门的话题就是如何在R中调用Cytoscape绘制复杂的生物网络，从而将R强大的统计功能，尤其是igraph，sna等复杂网络分析包跟Cytoscape灵活的可视化复杂网络分析功能及众多插件结合在一起。昨天，Cytoscape的核心开发人员，UCSD的Keiichiro Ono在Cytoscape的wiki上发了一篇对此的简要教程，Cytoscape And R。

在R中调用Cytoscape绘图，基本原理就是利用Cytoscape的RPC插件和Apache的XML RPC库在本机上启动Cytoscape的RPC服务，然后在R中用经过修改的XMLRPC包访问Cytoscape的RPC服务，从而实现R和Cytoscape的交互。

1. 安装Cytoscape RPC插件。

• 从其官方网页上下载最新版的Cytoscape RPC插件，在我码这篇文章的时候最新版是0.95。把Jar文件拷到plugin目录。
• 然后到Apache的web serive开发项目组网页上下载XMLRPC库，解压后把lib目录下的xmlrpc-common-3.1.3.jar, xmlrpc-server-3.1.3.jar, ws-commons-util-1.0.2.jar三个文件拷到Cytoscape的plugin目录。
• Cytoscape这边准备完毕。

2. 安装R的XMLRPC包。

• XMLRPC包依赖于RCurl和XML两个包，所以同学们要先在自己的R里面把这个两个包装好。
• 然后，到这个地址下载一个经过修改的XMLRPC包。跟安装其它软件包一样：

sudo R CMD INSTALL XMLRPC_0.2-mod.zip

3. 启动Cytoscape，在plugin菜单下激活RPC插件，默认端口是9000

4. 启动R，加载XMLRPC包和测试用的igraph包：

library(XMLRPC)
library(igraph)

接下来，先通过xml.rpc在Cytoscape中新建一个网络，然后用igraph生成一个网络，并将此网络传给Cytoscape：

xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createNetwork', 'R-Cytoscape Test')
g1 <- barabasi.game(200)
edgelist1 <- get.edgelist(g1)
edgeIDs <- xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createEdgesFromVector', edgelist1[,1], edgelist1[,2])

此时，切换到Cytoscape，会看到一个红点。那其实是一个有两百个节点的网络，只是没有应用任何layout而已。随便选择一个layout就能看到这个网络了。

高级功能我也在研究中，上面这几个Cytoscape的插件和R的包都还是bug无数，大家使用的时候要随时做好自己debug的准备。

等修炼到一定水平再来更新这篇文章。

07-16-2010 Update:

有人放出了基于上述原理的R package，详见这里：http://db.systemsbiology.net:8080/cytoscape/gaggle/test/cy2rpc/public/index.html

本文转自：http://gossipcoder.com/?p=176