编写运行R脚本

1、在后台运行R

1.1 创建file.R文件

1.2 在文件首行键入：

#! /path/to/Rscript

1.3 在下面的行中，键入R代码

1.4 保存(记得有png(),jpeg(),...等函数的代码最后一定要有dev.off())

1.5 在file.R的工作目录下，在终端中输入以下命令:

R CMD BATCH --args file.R

1.6 file.R被运行了！！！

优点： R命令行下打错命令后回车，之前的所有相关命令几乎全军覆没。如果不想发生这种情况，请写一个file.R文件。

缺点：R CMD BATCH 模式是让R在系统后台运行file.R，运行时微微地卡了2s。

 

2、创建R脚本

2.1 创建file.R文件

2.2 在文件首行键入：

#! /usr/bin/env Rscript

2.3 在下面的行中，键入R代码

2.4 保存(记得有png(),jpeg(),...等函数的代码最后一定要有dev.off())

2.5 在file.R的工作目录下，在终端中输入以下命令:

R CMD BATCH --args file.R
#或者
Rscript file.R

2.6 file.R被运行了！！！

优点： 比较前者不太占用系统资源， 而且可以在终端在直接运行，这样就可以和BASH语言在一起应用了。 具体如下：

chmod 755 file.R
./file.R    #这种方式下，把file.R改为file.sh或file ...，在Ubuntu下都能运行

 

3、在BASH脚本中插入R代码

3.1 在file.sh文件中键入：

#! /bin/sh
R --slave [other option]<<EOF

# R代码

EOF

3.2 在终端下运行

chmod 755 file.sh
./file.sh

3.3 file.sh被运行了，包括里边的R代码

优点： R代码能插在BASH脚本中运行，它就可以在其它更加强大的脚本中运行。事实上R-python已经成了python的一个模块了。

 

4、回归R环境

1，2中的file.R文件，无论有没有{#! ...}都可以在R环境下以source()命令执行。

> source("/homeR/file.R")

这是在使用R的时候，最常用的方法。