先说一下后缀数组最基本的应用：
Q1：一个串中某具体两个串的最大公共前缀是多少？
A1：这不就是Height吗？用rmq预处理，再O(1)查询。
Q2：一个串中任意两个可重叠的重复最长子串是多长？
A2：就是求任意两个后缀的最长公共前缀，而任意两个后缀的最长公共前缀都是Height 数组里某一段的最小值，那最长的就是Height中的最大值。
Q3：一个串中不可重叠的重复最长子串是多长？
A3：先二分答案，转化成判别式的问题比较好处理。假设当前需要判别长度为k是否符合要求，只需把排序后的后缀分成若干组，其中每组的后缀之间的Height 值都不小于k，再判断其中有没有不重复的后缀，具体就是看最大的SA值和最小的SA值相差超不超过k，有一组超过的话k就是合法答案。
Q4：一个字符串不相等的子串的个数是多少？
A4：每个子串一定是某个后缀的前缀，那么原问题等价于求所有后缀之间的不相同的前缀的个数。而且可以发现每一个后缀Suffix[SA[i]]的贡献是Len - SA[i] + 1,但是有子串算重复，重复的就是Heigh[i]个与前面相同的前缀，那么减去就可以了。最后，一个后缀Suffix[SA[i]]的贡献就是Len - SA[k] + 1 - Height[k]。 对于后缀数组更多的应用这里就不详细阐述，经过思考后每个人都会发现它的一些不同的用途，它的功能也许比你想象中的更强大！
注
SA[] 第几名是谁
后缀数组：后缀数组 SA 是一个一维数组， 它保存 1..n 的某个排列 SA[1] ，SA[2]，……，SA[n]，并且保证 Suffix(SA[i]) < Suffix(SA[i+1])，1≤i<n 。也就是将 S 的 n 个后缀从小到大进行排序之后把排好序的后缀的开头位置顺次放入 SA 中。
Rank[] 谁是第几名名次数组：名次数组 Rank[i]保存的是 Suffix(i)在所有后缀中从小到大排列的“名次 ” 。
r[]:原始数据j当前字符串的长度,每次循环根据2个j长度的字符串的排名求得2j长度字符串的排名.
y[]:指示长度为2j的字符串的第二关键字的排序结果,通过存储2j长字符串的第一关键字的下标进行指示.
wv[]:2j长字符串的第一关键字的排名序号.
ws[]:计数数组,计数排序用到.
x[]:一开始是原始数据r的拷贝(其实也表示长度为1的字符串的排名),之后表示2j长度字符串的排名.
p:不同排名的个数.
片段
1.对长度为1的字符串进行排序（函数的第一步）
for(i=0;i<m;i++) ws[i]=0;
for(i=0;i<n;i++) ws[x[i]=r[i]]++;
for(i=1;i<m;i++) ws[i]+=ws[i-1];
for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--ws[x[i]]]=i;
①用的是基数排序，也可以使用其它的排序
②r[]存储原本输入的字符串，x[]是对r[]的ASCII呈现（便于排序）
③m是一个估计数字，代表ASCII最大值，在循环中做边界
④n在这里是字符串的长度+1，后面的加加减减有所体现（貌似不介意直接用字符串的长度）
⑤最后一行比较难懂，但实践证明它确实是正确的，sa[i]=j表示第i名是j。
ws[i]是对第i及之前字符出现次数的累加，越往后ws[i]越大，而且对应的字符数值越大，举个例子，如果某一字符串为aaabaa，则a出现的次数为5，b出现的次数为1，按上述原理，可以看做ws[a]=5，ws[b]=6，固然a都在前5名，b在第六名。
对aabaaaab进行输出后为801345627，按照sa的定义对应起来
aabaaaab ～
23845679 1 非常正确
理解了这个，最后一行就能明白了
2.进行若干次基数排序
因为前面排序的名次可能有重复，所以要再进行若干次，直到所有的名次都不再相同
for(j=1,p=1; p<n; j*=2,m=p)
{
for(p=0,i=n-j; i<n; i++) y[p++]=i;
for(i=0; i<n; i++) if(sa[i]>=j) y[p++]=sa[i]-j;
for(i=0; i<n; i++) wv[i]=x[y[i]];
for(i=0; i<m; i++) Ws[i]=0;
for(i=0; i<n; i++) Ws[wv[i]]++;
for(i=1; i<m; i++) Ws[i]+=Ws[i-1];
for(i=n-1; i>=0; i--) sa[--Ws[wv[i]]]=y[i];
for(t=x,x=y,y=t,p=1,x[sa[0]]=0,i=1; i<n; i++)
x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++;
}
相对于上面函数的第一步来说，这一坨代码更加复杂了
①从最外层循环可以看出，j是处于倍增状态的，代表正在比较的每一小段字符串的长度
②循环内的第一行，循环了j-1次，是对后面几个数的提前处理（其第二关键字都为0）如图
即所有加0的数
③第二行，再翻上去看一眼sa的作用。首先要明白这一行抛弃了一些东西，
由于是对第二关键字的排序，第一关键字先不看，所以有一条件if(sa[i]>=j)
这条语句后面y[p++]=sa[i]-j，要减去j也是因为这个
到这里，第二关键字的排序就完成了
④开始第一关键字的排序
假设需要排序的数为92 71 10 80 63 90
那么y[]=3 4 6 2 1 5 即对第二关键字排序后名次递增所对应的序号
x[]=10 80 90 71 92 63 即对第二关键字排序的结果
for(i=0; i<n; i++) wv[i]=x[y[i]];将x[]数组拷贝到wv[]中
⑤剩下的基数排序就与对长度为1的字符串进行排序一样了
完整的代码（参考理解）
int wa[maxn],wb[maxn],wv[maxn],ws[maxn];
int cmp(int *r,int a,int b,int l)
{return r[a]==r[b]&&r[a+l]==r[b+l];} //就像论文所说，由于末尾填了0，所以如果r[a]==r[b]（实际是y[a]==y[b]），说明待合并的两个长为j的字符串，前面那个一定不包含末尾0，因而后面这个的起始位置至多在0的位置，不会再靠后了，因而不会产生数组越界。
//da函数的参数n代表字符串中字符的个数，这里的n里面是包括人为在字符串末尾添加的那个0的，但论文的图示上并没有画出字符串末尾的0。
//da函数的参数m代表字符串中字符的取值范围，是基数排序的一个参数，如果原序列都是字母可以直接取128，如果原序列本身都是整数的话，则m可以取比最大的整数大1的值。
void da(int *r,int *sa,int n,int m)
{
int i,j,p,*x=wa,*y=wb,*t;
//以下四行代码是把各个字符（也即长度为1的字符串）进行基数排序，如果不理解为什么这样可以达到基数排序的效果，不妨自己实际用纸笔模拟一下，我最初也是这样才理解的。
for(i=0;i<m;i++) ws[i]=0;
for(i=0;i<n;i++) ws[x[i]=r[i]]++; //x[]里面本意是保存各个后缀的rank值的，但是这里并没有去存储rank值，因为后续只是涉及x[]的比较工作，因而这一步可以不用存储真实的rank值，能够反映相对的大小即可。
for(i=1;i<m;i++) ws[i]+=ws[i-1];
for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--ws[x[i]]]=i; //i之所以从n-1开始循环，是为了保证在当字符串中有相等的字符串时，默认靠前的字符串更小一些。
//下面这层循环中p代表rank值不用的字符串的数量，如果p达到n，那么各个字符串的大小关系就已经明了了。
//j代表当前待合并的字符串的长度，每次将两个长度为j的字符串合并成一个长度为2*j的字符串，当然如果包含字符串末尾具体则数值应另当别论，但思想是一样的。
//m同样代表基数排序的元素的取值范围
for(j=1,p=1;p<n;j*=2,m=p)
{
//以下两行代码实现了对第二关键字的排序
for(p=0,i=n-j;i<n;i++) y[p++]=i; //结合论文的插图，我们可以看到位置在第n-j至n的元素的第二关键字都为0，因此如果按第二关键字排序，必然这些元素都是排在前面的。
for(i=0;i<n;i++) if(sa[i]>=j) y[p++]=sa[i]-j; //结合论文的插图，我们可以看到，下面一行的第二关键字不为0的部分都是根据上面一行的排序结果得到的，且上一行中只有sa[i]>=j的第sa[i]个字符串（这里以及后面指的“第?个字符串”不是按字典序排名来的，是按照首字符在字符串中的位置来的）的rank才会作为下一行的第sa[i]-j个字符串的第二关键字，而且显然按sa[i]的顺序rank[sa[i]]是递增的，因此完成了对剩余的元素的第二关键字的排序。
//第二关键字基数排序完成后，y[]里存放的是按第二关键字排序的字符串下标
for(i=0;i<n;i++) wv[i]=x[y[i]]; //这里相当于提取出每个字符串的第一关键字（前面说过了x[]是保存rank值的，也就是字符串的第一关键字），放到wv[]里面是方便后面的使用
//以下四行代码是按第一关键字进行的基数排序
for(i=0;i<m;i++) ws[i]=0;
for(i=0;i<n;i++) ws[wv[i]]++;
for(i=1;i<m;i++) ws[i]+=ws[i-1];
for(i=n-1;i>=0;i--) sa[--ws[wv[i]]]=y[i]; //i之所以从n-1开始循环，含义同上，同时注意这里是y[i]，因为y[i]里面才存着字符串的下标
//下面两行就是计算合并之后的rank值了，而合并之后的rank值应该存在x[]里面，但我们计算的时候又必须用到上一层的rank值，也就是现在x[]里面放的东西，如果我既要从x[]里面拿，又要向x[]里面放，怎么办？当然是先把x[]的东西放到另外一个数组里面，省得乱了。这里就是用交换指针的方式，高效实现了将x[]的东西“复制”到了y[]中。
for(t=x,x=y,y=t,p=1,x[sa[0]]=0,i=1;i<n;i++)
x[sa[i]]=cmp(y,sa[i-1],sa[i],j)?p-1:p++; //这里就是用x[]存储计算出的各字符串rank的值了，记得我们前面说过，计算sa[]值的时候如果字符串相同是默认前面的更小的，但这里计算rank的时候必须将相同的字符串看作有相同的rank，要不然p==n之后就不会再循环啦。
}
return;
}
//能够线性计算height[]的值的关键在于h[](height[rank[]])的性质，即h[i]>=h[i-1]-1，下面具体分析一下这个不等式的由来。
//论文里面证明的部分一开始看得我云里雾里，后来画了一下终于搞明白了，我们先把要证什么放在这：对于第i个后缀，设j=sa[rank[i] - 1]，也就是说j是i的按排名来的上一个字符串，按定义来i和j的最长公共前缀就是height[rank[i]]，我们现在就是想知道height[rank[i]]至少是多少，而我们要证明的就是至少是height[rank[i-1]]-1。
//好啦，现在开始证吧。
//首先我们不妨设第i-1个字符串（这里以及后面指的“第?个字符串”不是按字典序排名来的，是按照首字符在字符串中的位置来的）按字典序排名来的前面的那个字符串是第k个字符串，注意k不一定是i-2，因为第k个字符串是按字典序排名来的i-1前面那个，并不是指在原字符串中位置在i-1前面的那个第i-2个字符串。
//这时，依据height[]的定义，第k个字符串和第i-1个字符串的公共前缀自然是height[rank[i-1]]，现在先讨论一下第k+1个字符串和第i个字符串的关系。
//第一种情况，第k个字符串和第i-1个字符串的首字符不同，那么第k+1个字符串的排名既可能在i的前面，也可能在i的后面，但没有关系，因为height[rank[i-1]]就是0了呀，那么无论height[rank[i]]是多少都会有height[rank[i]]>=height[rank[i-1]]-1，也就是h[i]>=h[i-1]-1。
//第二种情况，第k个字符串和第i-1个字符串的首字符相同，那么由于第k+1个字符串就是第k个字符串去掉首字符得到的，第i个字符串也是第i-1个字符串去掉首字符得到的，那么显然第k+1个字符串要排在第i个字符串前面，要么就产生矛盾了。同时，第k个字符串和第i-1个字符串的最长公共前缀是height[rank[i-1]]，那么自然第k+1个字符串和第i个字符串的最长公共前缀就是height[rank[i-1]]-1。
//到此为止，第二种情况的证明还没有完，我们可以试想一下，对于比第i个字符串的字典序排名更靠前的那些字符串，谁和第i个字符串的相似度最高（这里说的相似度是指最长公共前缀的长度）？显然是排名紧邻第i个字符串的那个字符串了呀，即sa[rank[i]-1]。也就是说sa[rank[i]]和sa[rank[i]-1]的最长公共前缀至少是height[rank[i-1]]-1，那么就有height[rank[i]]>=height[rank[i-1]]-1，也即h[i]>=h[i-1]-1。
//证明完这些之后，下面的代码也就比较容易看懂了。
int rank[maxn],height[maxn];
void calheight(int *r,int *sa,int n)
{
int i,j,k=0;
for(i=1;i<=n;i++) rank[sa[i]]=i; //计算每个字符串的字典序排名
for(i=0;i<n;height[rank[i++]]=k) //将计算出来的height[rank[i]]的值，也就是k，赋给height[rank[i]]。i是由0循环到n-1，但实际上height[]计算的顺序是由height[rank[0]]计算到height[rank[n-1]]。
for(k?k--:0,j=sa[rank[i]-1];r[i+k]==r[j+k];k++); //上一次的计算结果是k，首先判断一下如果k是0的话，那么k就不用动了，从首字符开始看第i个字符串和第j个字符串前面有多少是相同的，如果k不为0，按我们前面证明的，最长公共前缀的长度至少是k-1，于是从首字符后面k-1个字符开始检查起即可。
return;
}
//最后再说明一点，就是关于da和calheight的调用问题，实际上在“小罗”写的源程序里面是如下调用的，这样我们也能清晰的看到da和calheight中的int n不是一个概念，同时height数组的值的有效范围是height[1]~height[n]其中height[1]=0，原因就是sa[0]实际上就是我们补的那个0，所以sa[1]和sa[0]的最长公共前缀自然是0。
da(r,sa,n+1,128);
calheight(r,sa,n);
目前自己的模板：
void solve() { for (int i = 0; i < 256; i ++) cntA[i] = 0;//第一次基数排序，按ASCII码排 for (int i = 1; i <= n; i ++) cntA[ch[i]] ++; for (int i = 1; i < 256; i ++) cntA[i] += cntA[i - 1]; for (int i = n; i; i --) sa[cntA[ch[i]] --] = i; rank[sa[1]] = 1; for (int i = 2; i <= n; i ++) { rank[sa[i]] = rank[sa[i - 1]]; if (ch[sa[i]] != ch[sa[i - 1]]) rank[sa[i]] ++; }//第一次排序完 for (int l = 1; rank[sa[n]] < n; l <<= 1) { for (int i = 0; i <= n; i ++) cntA[i] = 0; for (int i = 0; i <= n; i ++) cntB[i] = 0; for ( int i = 1; i <= n; i ++) { cntA[A[i] = rank[i]] ++;//得到第一关键字 cntB[B[i] = (i + l <= n) ? rank[i + l] : 0] ++;// 第二关键字 }//依照第二关键字的倒序，给第一关键字排序，同第一次一样得到排序。 for (int i = 1; i <= n; i ++) cntB[i] += cntB[ i - 1]; for (int i = n; i; i --) tsa[cntB[B[i]] --] = i;//得到第二关键字的倒序 for (int i = 1; i <= n; i ++) cntA[i] += cntA[i - 1]; for (int i = n; i; i --) sa[cntA[A[tsa[i]]] --] = tsa[i];//按第二关键字排，所以i换成了tsa[i] rank[sa[1]] = 1; for (int i = 2; i <= n; i ++) { rank[sa[i]] = rank[sa[i - 1]]; if (A[sa[i]] != A[sa[i - 1]] || B[sa[i]] != B[sa[i - 1]]) rank[sa[i]] ++; } } //排序完 for (int i = 1, j = 0; i <= n; i ++) { if (j) j --; while (ch[i + j] == ch[sa[rank[i] - 1] + j]) j ++; height[rank[i]] = j; }//计算height完 }