本博客是本人工作时做的笔记
ps aux |grep ^profile |grep A190200024
^ 表示行首匹配
linux查看文件大小：
具体可查看：https://www.cnblogs.com/flyingeagle/articles/9219106.html
du /mnt/hegh/project/ --max-depth=1 -h
从一台电脑上复制文件到另一台电脑上：
scp GCF_*fna.gz dev.ttjbz.com:/mnt/hegh/project/8.26/test/prokka/fa_fies
Linux提交任务样本
：echo "sh create_taxonomy_db.sh -d ../database/ncbi_taxonomy/" > qsub_tax_db.sh qsub -cwd -l vf=500M,p=1 qsub_tax_db.sh
qsub -cwd -l vf=60G,p=1 -V -S /bin/bash filter_map.sh 可以使用qsub -help查看参数， -V -S 带入环境
Linux将命令添加到PATH中
1、直接在命令行中设置PATH # PATH=$PATH:/usr/local/apache/bin 使用这种方法,只对当前会话有效，也就是说每当登出或注销系统以后，PATH设置就会失效。 2、在profile中设置PATH # vi /etc/profile 找到export行，在下面新增加一行，内容为：export PATH=$PATH:/usr/local/apache/bin。 注：＝ 等号两边不能有任何空格。这种方法最好,除非手动强制修改PATH的值,否则将不会被改变。 编辑/etc/profile后PATH的修改不会立马生效，如果需要立即生效的话，可以执行# source profile命令。 3、在当前用户的profile中设置PATH # vi ~/.bash_profile 修改PATH行,把/usr/local/apache/bin添加进去,如：PATH=$PATH:$HOME/bin:/usr/local/apache/bin。 # source ~/.bash_profile
需要给与文件执行：
chmod 755 fqextract.c
查看以前用的指令
history |less -S
显示文件结尾：
tail -f refdb.*
ll -rt
下载的文件安装：
一般用make就可解决
转链接：
ln -s bin/gt（需要转链接的路径） ./（转到的路径）
读文件的大小：
du -h --max-depth=1 ./
查看文件的中某个字符串额个数：
grep ">" viruses-5-2019.fa -c
查看压缩文件的中某个字符串额个数：
zgrep ">" viruses-5-2019.fa.gz |wc -l
less viruses-5-2019.fa.gz |grep ">" -c
Linux uniq 命令
Linux uniq 命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行列，一般与 sort 命令结合使用。
uniq 可检查文本文件中重复出现的行列。
语法
uniq [-cdu][-f<栏位>][-s<字符位置>][-w<字符位置>][--help][--version][输入文件][输出文件]
参数：
- -c或--count 在每列旁边显示该行重复出现的次数。
- -d或--repeated 仅显示重复出现的行列。
- -f<栏位>或--skip-fields=<栏位> 忽略比较指定的栏位。
- -s<字符位置>或--skip-chars=<字符位置> 忽略比较指定的字符。
- -u或--unique 仅显示出一次的行列。
- -w<字符位置>或--check-chars=<字符位置> 指定要比较的字符。
- --help 显示帮助。
- --version 显示版本信息。
- [输入文件] 指定已排序好的文本文件。如果不指定此项，则从标准读取数据；
- [输出文件] 指定输出的文件。如果不指定此选项，则将内容显示到标准输出设备（显示终端）
-
在文件中找出重复的行
-
$ sort testfile1 | uniq -d
统计各行在文件中出现的次数
-
sort testfile1 | uniq -c
过滤文本中第一列相同的数据后计算数量
cut -f 1 read_name.txt |sort |uniq |wc -l
Linux中使用gzip来压缩/解压 *.gz文件
NAME gzip, gunzip, zcat - compress or expand files SYNOPSIS gzip [ -acdfhklLnNrtvV19 ] [--rsyncable] [-S suffix] [ name ... ] gunzip [ -acfhklLnNrtvV ] [-S suffix] [ name ... ] zcat [ -fhLV ] [ name ... ] OPTIONS -c --stdout --to-stdout 结果写到标准输出，原文件保持不变 -d --decompress --uncompress 解压 -k --keep 压缩或者解压过程中，保留原文件 -r --recursive -t --test 检查压缩文件的完整性 -v --verbose 显示每个文件的名子和压缩率 -# --fast --best 取值从-1(最快)到-9(最好)，默认是-6 示例1，压缩文件 原文件名为file1.txt，压缩后原文件消失，压缩后文件名为file1.txt.gz root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.* -rw-r--r-- 1 root root 12383865 Aug 21 08:08 file1.txt root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt root@ubuntu:/tmp# ls -l file1.* -rw-r--r-- 1 root root 134416 Aug 21 08:08 file1.txt.gz 示例2，解压文件 root@ubuntu:/tmp# gzip -d file1.txt.gz root@ubuntu:/tmp# ls -lh file1.* -rw-r--r-- 1 root root 12M Aug 21 08:08 file1.txt 示例3，压缩的时候，显示压缩率 root@ubuntu:/tmp# gzip -v file1.txt file1.txt: 98.9% -- replaced with file1.txt.gz 示例4，一条命令压缩多个文件，压缩之后，是各自分开的： root@ubuntu:/tmp# gzip file1.txt file2.txt root@ubuntu:/tmp# ls -l total 1348 -rw-r--r-- 1 root root 134416 Aug 21 08:08 file1.txt.gz -rw-r--r-- 1 root root 392 Aug 21 08:15 file2.txt.gz 示例5，压缩过程中，保留原文件 root@ubuntu:/tmp# gzip -k file1.txt root@ubuntu:/tmp# ls file1.* file1.txt file1.txt.gz 示例6，压缩到标准输出中 可以连接两个文件 root@ubuntu:/tmp# cat file1.txt file2.txt | gzip > foo.gz 或者 root@ubuntu:/tmp# gzip -c file1.txt file2.txt > foo.gz
Linux下常见的压缩包格式有5种:zip tar.gz tar.bz2 tar.xz tar.Z
其中tar是种打包格式,gz和bz2等后缀才是指代压缩方式:gzip和bzip2
filename.zip的解压:
unzip filename.zip
filename.tar.gz的解压:
tar -zxvf filename.tar.gz
其中zxvf含义分别如下
z: gzip 压缩格式
x: extract 解压
v: verbose 详细信息
f: file(file=archieve) 文件
filename.tar.bz2的解压:
tar -jxvf filename.tar.bz2
j: bzip2 压缩格式
其它选项和tar.gz解压含义相同
filename.tar.xz的解压:
tar -Jxvf filename.tar.xz
注意J大写
filename.tar.Z的解压:
tar -Zxvf filename.tar.Z
注意Z大写
关于tar的详细命令可以
tar --help
事实上, 从1.15版本开始tar就可以自动识别压缩的格式,故不需人为区分压缩格式就能正确解压
tar -xvf filename.tar.gz tar -xvf filename.tar.bz2 tar -xvf filename.tar.xz tar -xvf filename.tar.Z