R是统计计算的强大工具，而JAVA是做应用系统的主流语言，两者天然具有整合的需要。关于整合，一方面，R中可以创建JAVA对象调用JAVA方法，另一方面，JAVA中可以转换R的数据类型调用R的函数，互相取长补短。现在也有一个项目JGR，用JAVA做R的图形界面，可以实现高亮显示自动补全等，还能让JAVA和R互相调用。
关于R中调用JAVA，我想主要是为了利用其面向对象的特性，毕竟R语言近来很致力于向面向对象发展，有个很好的项目rJava可以实现，在www.rforge.net/rJava上。R中调JAVA对我似乎意义不大，本文主要介绍JAVA中调用R。所有测试都在Windows XP、R2.10.1和JDK1.6下完成。
JAVA很适合开发应用系统，但是数学建模和计算能力非其所长，如果该系统需要进行大量的统计或者优化的计算，调用R是一种很好的方式。JAVA负责系统的构建，R用来做运算引擎，从而实现应用型和分析性相结合的系统。
首先要介绍的是Rserve的方式，这是一个基于TCP/IP的服务器，通过二进制协议传输数据，可以提供远程连接，使得客户端语言能够调用R。目前Rserve作为一个package发布在CRAN上，可以直接使用install.packages("Rserve")进行安装。需要使用时在R控制台下加载该包，然后输入命令Rserve()，开启服务器，就可以供客户端调用。
其客户端可以有多种，这里只介绍JAVA客户端。最早的客户端包是JRclient，在www.rosuda.org/Rserve上还可以下载到，但是现在该项目全部移到了www.rforge.net/Rserve，使用REngine作客户端（和JRI一致），在该网站下可以下载到REngine.jar和RserveEngine.jar两个文件。如果用eclipse开发的话，在工程属性中导入这两个外部的jar包，就可以正常使用了。
一个简单的例子：
- public class rtest {
- public static void main(String[] args) throws REXPMismatchException, REngineException {
- RConnection c = new RConnection();
- REXP x = c.eval("R.version.string");
- System.out.println(x.asString());
- }
- }
- <span style="color:#009900"></span>
另一种方式是JRI，全名是Java/R Interface，这是一种完全不同的方式，通过调用R的动态链接库从而利用R中的函数等。目前该项目已经成了rJava的子项目，不再提供单独的JRI的版本。因此使用时简单地通过install.packages("rJava")安装rJava就行，在安装文件夹中，可以看到一个jri的子文件夹，里面有自带的例子可以用来测试。
装好后要修改系统的环境变量，在PATH中添加%R_HOME%bin和%R_HOME%libraryrJavajri，注意R_HOME的路径要正确，重启系统使之生效。使用时同样在eclipse里导入外部的jar包（在www.rforge.net/rJava下载JRI.jar、REngine.jar和JRIEngine.jar这三个文件），在rJava包安装目录下的jriexamples里有现成的例子（rtest.java和rtest2.java），可以测试是否成功。
之前我的电脑上一直存在一个很奇怪的问题，测试第一个例子时在“Creating Rengine (with arguments)”的时候就停住了，第二个例子中一个JAVA框很快闪一下就消失了，控制台中没有任何提示。打开JGR也是一闪即逝。在网上查了很久，只有一个印度哥们也遇到过类似的问题，而且没有找到解决办法。估计应该是实现RMainLoopCallbacks时出了问题，但是找不到原因，后来卸载了R2.9.0重装了R2.10.1，并且通过install.packages安装，终于没问题了，可能是主程序和Package之间的版本冲突，以后记住全部用install.packages来安装package了。
关于客户端服务器的方式和动态链接库的方式，各有所长，按照需要选用。个人经验，不管使用哪种方式，设计时尽量少进行频繁的数据的交互，在逻辑上把系统和计算分开，使得R成为一个纯粹的运算引擎。
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例子 二
在试验中，为了求每天价格的波动率，我决定采用ARCH模型，细看了基本原理后，觉得自己去实现挺难的。我的系统是用java写的，遗憾的是找不到java写的ARCH源码，难道，我就真得要自己写了吗？幸运的是，我发现R中有这样的ARCH包，那么，我该如何更好的利用R呢，一个疑问升起，R能不能集成到我的java系统啊？答案是：yes！
R是越来越火了，什么样的算法包都能找到，以前觉得matlab和sas是数据挖掘与分析领域的屠龙宝刀和倚天剑，那么R就是明教的圣火令了，也是一大神器。
在R中有一个rJava的包，相当于，java调用R的接口，有这样的接口，那么java调用R中算法，便如举手之劳了。下面简单介绍下配置过程。
1、下载和安装R软件；
2、在命令窗口，输入：install.packages("rJava"),下载和安装rJava包；
3、配置环境变量；注意这是r软件的安装文件里面的一些文件。这是我的相关配置：D:R-2.11.1library Javajri ; D:R-2.11.1in ;
4、引用用jar包到eclipse项目；三个包的名字分别是：JRI.jarREngine.jar和JRIEngine.jar,在第二步下载的文件当中。
5、就是写程序测试了。
下面是个例子，把代码提出来，供参考：
http://blog.csdn.net/jasontome/article/details/7933612