［Redhat9.0］Models-3安装备忘录之LINUX篇

［Redhat9.0］Models-3安装备忘录之MODELS-3篇（未完待续……）  

2010-01-26 11:32:54|  分类： Models-3|举报|字号 订阅

 

 

写在前面：不知道是因为版本还是机器的问题，总之smoke现在进入瓶颈阶段了，僵持了N久之后导师终于坚持不下去了，现在models-3只好暂时停止，真是可惜啊。现在主攻MM5,期望不要再出什么状况，时间不是我能耗的起的啊！

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----------------------------------------------上一篇：MM5---------------------------------------------

EDSS Root（没找到）
PAVE版本：PAVE2.1.2

MCIP版本：MCIP3.4.1
NetCDF版本：NetCDF3.5.1
IOAPI版本：IOAPI2.2
CVSROOT版本：CVS1.11.20
CMAQ版本：CMAQ4.3
SMOKE版本：SMOKE2.0

 

-----------------------------------------------我是PAVE的分界线---------------------------------------------

 

 

 

 -----------------------------------------------我是MCIP的分界线---------------------------------------------

 

目的：气象化学界面处理模块，将MM5输出数据转换为应用程序界面（I/O API）格式文件输入到化学输送模式CCTM中。

*我觉得这个不需要单独安装，好像在CMAQ中已经安装了，不知道正确与否。
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1.解压M3DATA_MCIP32.tar.gz和mcip_v3.4.1.tar.gz，分别解压出data文件夹和MCIP3文件夹；

2.编辑Makefile文件，主要是修改路径与参数；

 

-----------------------------------------------我是NetCDF的分界线---------------------------------------------

目的：获得CMAQ所需要的库文件libnetcdf.a。
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1.将netcdf-3.5.1在文件夹/usr/local/netcdf(便于管理，也与环境变量相符)解压出src目录；
2.在csh环境下进行安装、编译，在终端中输入以下语句：
   # setenv FC pgf90
   # setenv CC gcc
   # setenv FFLAGS  "-O2"
   # setenv CPPFLAGS  "-DNDEBUG  -DsunFortran"
3.# ./configure  --prefix=/usr/local/netcdf
4.# make
   # make test
   # make install--产生bin、include、bin、man目录，并于lib目录中编译出需要的libnetcdf.a文件；
5.# ln -s /usr/local/netcdf/lib/libnetcdf.a  /home/hdyl/MODELS3/lib/netCDF/Linux/libnetcdf.a
--CMAQ仅需要库文件libnetcdf.a，因此只要将编译得到的libnetcdf.a链接到CMAQ适当目录下即可，由于这些文件夹尚未建立，可能在后面安装CMAQ的时候链接会更方便一些，下面的IOAPI编译出的libioapi.a同理。
--源程序可以删掉，安装的貌似可以，保留也行。

-----------------------------------------------我是IO API的分界线---------------------------------------------

目的：为了获得CMAQ所需要的库文件libioapi.a。
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1.解压ioapi_22.tar.gz到“/home/hdyl/ioapi_22”中；
2.在csh环境下安装、编译：
   # setenv BIN Linux2_i686pg（原来是：Linux2_x86pg，为了跟CMAQ中统一，就改了）
   # setenv CC gcc
   # cd ioapi_22
   # cp Makefile.nocpl Makefile
3.# vi Makeinclude.Linux2_i686pg--修改有关编译项（这个文件夹里所有的x86pg都改为i686pg）：
--a.CC   = /usr/bin/gcc (可能要这样改，我原来的是这样的)；
--b.OMPFLAGS、OMPLIBS为多CPU条件下的选项，在单CPU下应关闭（置空）；
--c.FSFLAGS=--Msave，pgf90不能识别，关闭；
--d. 由于gcc不能识别COPTFLAGS中的-fast项，故关闭了COPTFLAGS和FOPTFLAGS中的-fast；
--e.对于ARCHFLAGS，选择没有-Msecond -underscore和-Mnosecond -underscore的选项。
4.# make--创建Linux2_i686pg目录，并在该目录中编译出libioapi.a文件；
5.# ln -s libioapi.a  /home/hdyl/MODELS3/lib/ioapi_22/libioapi.a (如果libioapi.a不在CMAQ目录下)。
--CMAQ仅需要库文件libioapi.a，因此原则上只要将该文件编译出，并置于CMAQ的适当目录下即可。
注意：如果当时安装IOAPI没有装在/home/hdyl/MODELS3/lib/ioapi_22中，则应该将安装目录下的fixed_src目录拷入到这个目录中。

-----------------------------------------------我是CVSROOT的分界线---------------------------------------------

目的：其实我也不是很清楚，好像是与服务器相关的吧。
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1.解压cvs-1.11.20.tar.gz到/home/hdyl/CVSROOT；
2.设置环境变量；
3.# ./configure
   # make
   # make install

-----------------------------------------------我是CMAQ的分界线---------------------------------------------

*在csh环境下进行。
1.设置环境变量：
setenv M3HOME /home/hdyl/MODELS3
setenv M3MODEL $M3HOME/models
setenv M3LIB $M3HOME/lib
setenv M3DATA $M3HOME/data
setenv M3WORD $M3HOME/scripts
2.# cd $M3HOME--解压M3DATA.tar.gz产生$M3DATA目录及子目录；
3.创建$M3LIB及其子目录：
   # mkdir $M3LIB--后面类似；
   其中，将前述编译得到的libnetcdf.a和libioapi.a分别链接到$M3LIB/netCDF/Linux和$M3LIB/ioapi_22/Linux2_i686pg目录下。
   # ln -s /usr/local/netcdf/lib/libnetcdf.a  /home/hdyl/MODELS3/lib/netCDF/Linux/libnetcdf.a
   # ln -s libioapi.a  /home/hdyl/MODELS3/lib/ioapi_22/Linux2_i686pg/libioapi.a
*子目录pario、dynmem(没有创建)与并行计算有关。
4.# cd $M3HOME--解压MODELS.tar.gz$M3MODEL目录及其子目录；
5.# mkdir $3WORK
   # cd $M3WORK--解压SCRIPTS.tar.gz产生$M3WORK的子目录；
6.# cd $M3WORK/build
   # ./bldit.m3bld
7.# cd $M3WORK/stenex
   # ./bldit.se_noop.pgf  (单CPU计算)；
   或 # ./bldit.se.pgf（并行计算）
   注意：修改这个文件内的路径以及编译器。  
8.编译执行JPROC、ICON、BCON、MCIP、CCTM(第一层的第一天)
    # cd $M3WORK/jproc
    # ./bldit.jproc.pgf---注意：修改这个文件内的路径（PGI、ioapi以及netCDF），下同；
    # ./run.jproc >&! jproc.log&
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   # cd $M3WORK/icon
   # ./bldit.icon.pgf
      set FC = /usr/pgi/linux86/5.0/bin/pgf90
      set IOAPI = "${M3LIB}/ioapi_22/${BLD_OS}_i686pg -lioapi"
      set ICL_IOAPI = ${M3LIB}/ioapi_22/fixed_src
      set NETCDF = "${M3LIB}/netCDF/Linux -lnetcdf"
   # ./run.icon---注意：修改这个文件内的EXEC路径，改为：Linux2_i686pg，下同（可能还需要改别的）；
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   # cd $M3WORK/bcon
   # ./bldit.bcon.pgf
   # ./run.bcon >&! bcon.log&
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   # cd $M3WORK/mcip2---MM5数据转换成为CCTM可处理的文件；
   # cd BLD
   # make
   # cp mcip.exe ../mcip.exe
   # ./run.mcip
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在已经准备好气象、源排放文件后，运行CCTM：
（数据包括：MM5输出数据、SMOKE数据、JPROC、ICON、BCON数据）
   # $M3WORK/cctm
   # ./bldit.cctm.pgf
   # .run.cctm >&! cctm.log&
9.参考TUTUOIAL_PROCEDURE文件，计算第二天的coarse domain浓度场以及第一天和第二天的fine domain浓度场；
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注意：
1.CMAQ的相关安装和运行均在cshell的环境中进行；
2.为保证编译得到的库文件libnetcdf.a、libioapi.a、libCVS.a等的相容性，在安装和编译时，应设置相同的编译环境变量setenv CC gcc，否则可能会JPROC可执行程序的非正常运行（挂置、无信息、结果输出）。
3.主要安装参考文件：README、TUTORIAL_PROCEDURE、CVS_NETCDF、IOAPI；
4.$M3HOME:
   a.data---输入输出的各类数据文件；

   b.lib---编译得到的各种库文件存放于此目录；
   c.models---模式以及机理的原程序文件； 
   d.scripts---工作目录，存放运行脚本和可执行文件。

-----------------------------------------------我是SMOKE的分界线---------------------------------------------

 安装过程参考manual中的帮助ch12

 

-------------------------安装-------------------------

1.版本为2.0，下载到的文件有：
   smoke.Linux2_x86ifc.tar.gz；smoke.nctox.data.tar.gz；smoke_install.csh；manual.zip（前两个不需要解压），为省事，可将这些文件放入/home/hdyl/smoke文件夹中，作为EDSS_ROOT，不需要解压；
2.在.cshrc中设置环境变量：
   setenv EDSS_ROOT /home/hdyl/smoke
   setenv SMK_HOME /home/hdyl/smoke--暂时不懂是做什么的；
3.# mkdir -p $EDSS_ROOT--(创建smoke文件夹)
4.# cd /home/hdyl/smoke
   # source smoke_install.csh--解压并安装SMOKE到EDSS_ROOT中。

*安装完后显示：subsys/smokev1/assigns:没有那个文件或目录；

  ——复制subsys/smoke/assigns到subsys/smokev1/assigns（不晓得有米用处，不过好像最终未用到）

 

-------------------------编译-------------------------
1.# cd $EDSS_ROOT/scripts
   # source platform--如无错误则不需要更新（我认为），并为EDSS_EXE设置环境变量；

   # echo $EDSS_OS，得出为Linux2--如果有错误再输入这个；

   *查询变量，# echo $变量。

    eg：# echo $EDSS_EXE，得出为Linux2_x86pg。
2.将IO/API的库文件放入：$EDSS_ROOT/subsys/ioapi/bin/$EDSS_EXE/libioapi.a；

*后期调试在此处一直有错误，所以，就在smoke文件夹中重新安装ioapi，步骤同前面的ioapi安装所讲一样，安装后需要将库文件与下面的datshift文件放入/home/hdyl/smoke/subsys/ioapi/bin/Linux2_x86pg中。
   将IO/API的工具datshift安装到：$EDSS_ROOT/subsys/ioapi/bin/$EDSS_EXE/datshift；--试验了一下，没看出有什么作用..==b；
   将NETCDF的库文件放入：$EDSS_ROOT/subsys/netcdf/bin/$EDSS_EXE/libnetcdf.a；

*按照指导手册与王老师留下来的文件夹可以看到存在一个ioapi_includes文件夹，但是由于不知道是怎么得到的，于是只好先创建/home/hdyl/smoke/subsys/ioapi_includes文件夹，并在其中将原ioapi文件夹中的以下文件拷入：

 ATDSC3.EXT

 CONST3.EXT

 FDESC3.EXT

 IODECL3.EXT

 NETCDF.EXT

 NOTICE.EXT

 PARMS3.EXT

 STATE3.EXT
 今天在/home/hdyl/smoke/subsys/ioapi/fixed_src中找到一致的文件，所以拷入ioapi_includes文件夹中。

3.如果有需要，则更新文件：--这一步我在运行后分别显示如下：

• $EDSS_SUBSYS/edss_tools/setup/sysflags --TOOLS_ROOT:Undefined variable
• $EDSS_SUBSYS/filesetapi/sysflags --FS_ROOT:Undefined variable
• $SMKROOT/assigns/sysflags --source sysflags:MD_SRC:Undefined variable

3.# cd $SMKROOT/scripts/make--$SMKROOT代表的是/home/hdyl/smoke/subsys/smoke；

   # vi Makeall--编辑文件头，如果在前面已经编译过的可以选N；

*在运行过程中有存在如下错误：

 Makeit:Command not found.

 解决方案是将Makeall中的所有Makeit都改为./Makeit。

4.