摘自《一秒でわかる 医薬品業界ハンドブック》
日本自1961年开始了全民医保制度。只要有社保卡（健康保险证，与国内不同，它是没有相片和磁卡功能的）。2009年的国民医疗费用为36兆67亿日元（约6兆人民币），占国民收入的10.6%。
日本医保的特点是“公共医疗保险”、“可自由决定去哪家医院”、“可以通过较低的医药费获得较高水平的诊治”、“使用国家资金（税收）来维持”。
医疗费用由以下三部分构成：
- 缴费时自行承担30%
- 医保（日常缴纳的保险费）支付45%
- 国家承担25%
此外，加上大病医保（高额疗养费制度，自己承担的费用超过一定金额后则由国家支付超出的部分）和国家医疗补助（公费负担医疗，比如新冠的治疗费用），09年患者的实际负担为13.9%，国家投入的资金为25.3%（其中国库占比25.3%，地方政府12.1%），最后医保支付48.6%。
普通人加入的医保分为两种，一种是职工医保（被用者保险，企业和个人各付一半），一种是居民医保（国民健康保险，个人全数承担）。此外，从08年开始，对于75岁以上的老人单独划分出来，采用高龄医保制度（后期高龄者医疗制度），并设立一种跨区域协调性高龄患者医保机构（“广域连合”，一种可以跨县、市具体行政区域的行政组织形式，可以由省、直辖市、自治区来设置，由管辖下的具体县、市等参加，以便于不同地区政府协作处理同一类型政务）来专门作为针对高龄患者的医保局。这里的医保费中、患者个人承担和缴纳的保费占1成，医保局（未退休的社保参保人缴纳的费用）占4成，国家财政和地方政府补助占5成。对于这个制度也有一些反对的声音，比如这是否是年龄歧视，以及为何要从退休后的养老金中直接扣除掉高龄人士的医保费用。
职工医保又分为三种，一种叫“组合健保”（这里“组合”的意思是指协会、组织，即健康保险协会），是由大企业或几家企业联合之后自行成立的保险人组织，被保险人交的保险费较低，但是福利较好，2010年的数据显示日本全国的23.2%的人加入了这种保险。另一种叫“协会健保”，一般是中小企业的员工参加，但是它是日本最大的医疗保险机构，前身相当于国家医保局，27%的人加入该保险。最后一种叫“共济组合”，参保人基本上是公务员，7.1%的人参加该保险。其余27.7%的人参加居民医保，11%的人参加后期高龄者医保。
作为普通医保的补充，有一些特殊的情况由特殊的费用支撑。
- 公费医疗：对于结核、精神病、传染病等有关公共为生的，会有《结核预防法》等法律保障患者可以得到公费治疗，从而减轻医疗负担。
- 大病补助（高额疗养费制度）：一般情况下，患者个人承担医疗费的3成，但这3成相对于患者的收入如果过高，超过了一定额度之后对于超出的部分就可以不用再支付。比如对于70岁以下人士，月薪低于27万日元时，每月个人承担额度最高为57600日元。收入越高，自行承担的部分也会较高。
医疗费用的计算
日本的医疗费用用得分（日本成为点数）计算，最后支付的金额为按每1点10日元的费用计算。该分数大体分为诊疗服务费和实物费（药费等）。比如初诊时门诊费用为270点，复诊时就降到每次69点。静脉注射的技术点数为30点，取药时药剂师的技术服务为为9点，放疗费为一次110点。（参考资料：https://www.mhlw.go.jp/bunya/iryouhoken/iryouhoken01/dl/01b.pdf）。费用的标准由“中央社会保险医疗协议会”来评估决定。
医保费用的审核
对于职工医疗保险，会由“社会保险诊疗报酬支付基金”这个组织对医保账单费用进行审核。医疗机构会将账单在就诊月下一个月的10号之前发给该组织（每个省、自治区、直辖市都有独立的组织）。对于居民医疗保险会由“国民健康保险连合会”进行审核。审核后再通知保险者（医保部门等）向医疗机构支付医保报销部分的医疗费。
其他
日本政府为了促进个体健康、减少因为生活习惯病（三高等）导致的医疗及其支出，从2008年开始对体检中发现腹围男性85厘米，女性90厘米以上且有一项以上其他生活习惯病的人士诊断为“内脏脂肪症候群”，由医疗保险机构开展健康指导，但是用于预防的费用是不可以由医保报销的，所以该健康指导费用不可以报销，但是日本政府的目的是从长期来看，减少因为生活习惯病导致的医保支出。
“混合医疗”：接受医保范围的诊疗的同时还进行某些个别医院才有的非医保特殊诊疗方式被称为混合医疗，在这种情况下，医保是会将所有诊疗全部算作自费，这一目的是首先为了保证正规有效的医疗方式切实地被医院采用，第二是为了减少患者负担和确保公平，防止患者被医院因特殊诊疗方式额外收费。但是，对于某些疾病（比如癌症），存在还未审批的但存在有疗效证据的新方法或新药时，厚生劳动省虽然不认为该方法或药算医保范围，但会在限定仅由某几处可以开展该疗法的机构提供诊疗的基础上，承认该医疗方式属于“高度先进医疗”方式，允许患者对正常医保范围的诊疗进行报销，同时对新疗法的超出部分自费。