代码混淆的主要目的是为了保护源代码，阻止反向工程。反向工程会带来许多问题，诸如知识产权泄露，程序弱点暴露易受攻击等。使用即时编译技术的语言，如Java、C#所编写的程序更容易受到反向工程的威胁。
代码混淆的主要的方法有：
将代码中的各种元素，如变量，函数，类的名字改写成无意义的名字。比如改写成单个字母，或是简短的无意义字母组合，甚至改写成“__”这样的符号，使得阅读的人无法根据名字猜测其用途。
重写代码中的部分逻辑，将其变成功能上等价但是更难理解的形式。比如将for循环改写成while循环，将循环改写成递归，精简中间变量，等等。
打乱代码的格式。比如删除空格，将多行代码挤到一行中，或者将一行代码断成多行等等。
代码混淆器也会带来一些问题。主要的问题包括：
被混淆的代码难于理解，因此调试除错也变得困难起来。开发人员通常需要保留原始的未混淆的代码用于调试。
对于支持反射的语言，代码混淆有可能与反射发生冲突。
代码混淆并不能真正阻止反向工程，只能增大其难度。因此，对于对安全性要求很高的场合，仅仅使用代码混淆并不能保证源代码的安全。
原创辛苦:http://zh.wikipedia.org/zh/代码混淆