ShopEx4.8系统用了很多客户端JS特效，特别是后台的管理界面，为了给用户更好的软件体验，更是大量加入了Javascript脚本实现界面和Ajax操作。
ShopEx的Js脚本都扩展于Mootools脚本库，mootools和jquery一样是属于比较轻巧的Js库，是做前端开发必不可少的脚本库，两者功能相近，开源协议也一样都可以使用 MIT license，Jquery的插件库更丰富一点，在国内使用Jquery的网站也多于mootools，要找些现成的JS脚本制作ShopEx插件应该是更容易，那为什么ShopEx的设计者当初选用了Mootools作为前端脚本库而不是Jquery。ShopEx系统研究认 为这可能是设计者的技术偏好，因为mootools更符合所谓的编程模式，让开发人员更容易去定义扩展一个类，代码的类结构更合理清晰，写一个类所需的代 码量更少，所以决定选用mootools也合情合理，因为开发人员的出发点永远是写最少的代码在最多的地方使用，达到代码重用的目的。
不过这增加了普通模板设计师以及第三方服务商基于ShopEx系统定制做模板和插件的难度，因为Jquery更直接简单，国内可找到的资源多，论坛 上也有用户提到一个办法可以解决在ShopEx系统中使用Jquery冲突的办法，虽然比较麻烦不利于升级，有急需安装某个Jquery效果的也可以一 试：
在你的模板目录/block/header.html 里面的</head>标签前添加以下代码
<script language=”javascript” src=”js/jquery.js”></script>
<script language=”javascript”>
jQuery.noConflict();
</script>
然后是替换选择器，把使用jquery里面的所有$都替换为jQuery。