常用的文献管理软件大概首推EndNote了，但是除了EndNote还有很多文献管理软件，有的是公开源代码，有的是免费。国产的也有几个文献管理软件。觉得EndNote用不习惯的同学可以试试下面。
NoteExpress
NoteExpress是一个国产文献管理软件，据说对中文文献和中文数据库的支持比EndNote好。在国内也有不少用户，不过这个软件是商业软件，学生版198，永久版需要 698 元。
但是有这钱我就用Zotero，因此对NoteExpress 一直不感冒。网上也有破解版的，但是也没有尝试过。顺便说一句，尽量不要使用破解版的软件。
Mendeley
Mendeley功能非常强大，总起来说Mendeley有以下特点。
1、免费，这个比较重要。
2、支持多平台。迄今Mendeley有网页版，Windows版，Mac版，Linux版，甚至还有iPhone，iPad，iPod版。
3、支持Microsoft Word, LibreOffice, and LaTeX等软件。
4、支持PDF标记。可以直接在PDF文档中做相应的标记和注释，这样文章重点部分就可以重点突出了，下次再看时就知道重点和难点了。
5、支持从其它参考文献管理软件导入文献，现在支持EndNote, Papers 和 Zotero。
6、可以组织管理文献，通过文件夹的形式把文献分类，管理起来文献简单明了。
7、可以和同事们分享文献，甚至注释和标记也可以分享。这样大家协作起来更方便。
8、支持网络备份，而且多个平台之间支持同步。
9、支持PDF文件导入并自动提取文章信息，支持自动导入特定文件夹内的文献。
10、强大的搜索功能，可以搜索PDF全文。
11、强大的社区功能。这才是Mendeley的精髓所在。现在新兴的文献评价标准Altmetric参考因素之一就包括Mendeley的社区功能，如利用Plum Metrics评价系统了解论文的关注度分享情况。
ResearchGate科研人员自己的FaceBook其中一项指标也包括Mendeley的社区。
Zotero
Zotero是一个开放源代码的文献管理软件。Zotero特色之处是可以作为浏览器插件进行使用。本地的Zotero的文献数据库还可以免费上传到Zotero的网络服务器上，并且不受空间大小限制。但是本地的Zotero的附件，在网络服务器上有大小限制，Zotero的网络服务器仅为每用户提供300M免费存储容量。
Zotero和EndNote也曾干过仗，2008年, 汤森路透起诉 Zotero 侵犯了EndNote的最终用户许可协议 (EULA)，逆向工程了EndNote，提供了Zotero把EndNote私有的 .ens风格转换为Citation Style Language风格。
Zotero相比于EndNote，免费不用说，最大的特色是无限级的目录分类，一个目录下可以分为多个子目录。这样管理起来文献就方便多了，而EndNote只支持二级目录。
Zotero还支持文献的标签功能。为每个文献自动打上标签，当然用户也可以自定义标签，这又增加了文献管理功能。
不过Zotero的插入引文和参考文献相比于EndNote来就弱了许多，支持的输出格式也相对有效，只是支持几个大类的输出格式，并没有具体的杂志格式。可能我的理解有错误，但是至少现在我还没找到修改或者添加引文格式的方法。
投稿也能自动化：E-learning
E-learning是知网推出的一款免费软件，基于Word的写作功能，文献管理与NoteExpress、Endnote相似，支持CAJ、KDH、NH、PDF、TEB，以及WORD、PPT、EXCEL、TXT等格式，并将自动转化为PDF文件进行管理和阅读。E-Learning提供了各种辅助工具，撰写论文时，可以直接引用笔记中的内容，并自动生成笔记来源的参考文献；提供数千种期刊模板，可以直接打开预投稿期刊的模板进行论文撰写，并帮助作者解决批量参考文献格式修改困难的问题；支持多种中外文期刊的在线投稿，撰写论文后，可快速进入该期刊的作者投稿系统进行论文投稿。
优点：自动转化、自动生成、自动联络
共享神器：OnenoteOne Note功能强大，据说很多人买surface就是由于中意它！一般都对Office的Word, Excel ,Powerpoint耳熟能详并且还熟练掌握，却没注意其实它还有一个很实用的工具——One Note! 它凭借office的强大编辑能力，基本涵盖了所有你能想到的和想不到的功能。最新出的插件还同时涵盖了思维导图的功能oneNote另一强大的优势是团队协作（多人可共同编辑一份OneNote）及资源共享（其实Office Online中Word，Excel，PPT，Sway等也能实现协作功能）。你还可以在Office 在线网页上编辑。
优点：功能强大
缺点：系统内存的占用比较大（内存小的话就很容易卡机）。OneNote的扩展功能也是要收费的。