1、教育方式的不同。
院校培养的中医本科要经过5年的学习，前4年时全部学习理论知识，第五年是到医院实习和写论文。这样学习的弊病是学理论与实习操作割裂，前面学习的理论，到实习时都淡忘，理论不能很好地与实践联系在一起。中医本科生毕业时，连自己家人的头痛脑热的病都看不了。
师带徒培养的中医一般是老师与徒弟每天吃住在一起，老师与徒弟一起看病人，老师看病人的经验马上可以告诉徒弟，没有病人时徒弟与老师一起研究中医理论，徒弟有疑惑时可以随时向老师请教。这样的优点是学习中医理论可以与医疗实践很好地结合在一起，老师的经验徒弟能够很好地传承，徒弟出师时已经可以独立行医。
2、思维方式的不同。
现代中医眼里更多的是病人的化验单，很多医生是根据病人的化验单来开中药，以病人化验单来判断治疗的效果。现代中医教育有一半的课时是西医的课时，西医教育的侵蚀已经严重干扰了现代中医按照中医古法四诊八纲的诊疗系统为患者诊病。
传统中医是以遵循古法四诊八纲的诊疗系统为患者诊病，西医的化验最多只能当作辅助参考。传统中医眼里只有病人的阴阳、表里、寒热与虚实，只有病人经络于五脏六腑与致病因子的关系，传统中医考虑的是天气、季节、地理环境、病人的体质以及周围的人对病人的影响，传统中医注重的是将病人调理好，达到“正气存于内，邪不可干。”的效果。
3、治疗手段不同
现代中医一般只用单一的手段为病人治疗，如开中药的不用针灸，扎针灸的不开汤药。
传统中医必须掌握药、针灸、推拿和导引等综合的治疗手段，在根据病人的需要给予综合的治疗。