用 Eclipse JEE 版本的话，新建一个 Enterprise Application Project 工程（New --> Java EE --> Enterprise Application Project），工程名一般后面加 -ear 后缀，点 Next，在这一个画面中的 Java EE module dependencies 会有这个工作区中的工程，把你要关联的那个 ejb 和 war 的工程勾上，下面有个“Generate application.xml deployment descriptor”打上勾，让 eclipse 去生成 ear 的部署描述符。这样工程就关联起来了。
打 ear 包的话，在这个 xx-ear 的工程上右击，选择 Export... 选择 Java EE --> EAR file 打包就可以了。