• 【python】内存调试


    全文拷贝自:http://blog.csdn.net/BaishanCloud/article/details/76422782

    问题定位过程解读


    gdb-python:搞清楚python程序在做什么 
    首先确定python在做什么,是否有大内存消耗任务正在运行,或出现死锁等异常行为。

    从gdb-7开始,gdb支持用python实现gdb扩展,可以像调试c程序一样,用gdb对python程序检查线程、调用栈等;且可同时打印python代码和内部c代码的调用栈。

    这对于定位是python代码问题还是其底层c代码问题,有很大帮助。

    • 准备gdb 
      首先安装python的debuginfo:
     # debuginfo-install python-2.7.5-39.el7_2.x86_64

    如果缺少debuginfo,当运行后续步骤时,gdb会提示,按提示安装完成即可:

    Missing separate debuginfos, use: debuginfo-install python-2.7.5-39.el7_2.x86_64
    • 接入gdb 
      可直接用gdb attach到1个python进程,查看其运行状态:
    # gdb python 11122

    attach之后进入gdb,基本检查步骤如下:

    • 查看线程
    (gdb) info threads
      Id   Target Id         Frame
      206  Thread 0x7febdbfe3700 (LWP 124916) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81
      205  Thread 0x7febdb7e2700 (LWP 124917) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81
      204  Thread 0x7febdafe1700 (LWP 124918) "python2" 0x00007febe9b75413 in select () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81
      203  Thread 0x7febda7e0700 (LWP 124919) "python2" 0x00007febe9b7369d in poll () at ../sysdeps/unix/syscall-template.S:81

    一般加锁、死锁情况存在时,会有线程卡在xx_wait等函数上。

    之前用该方法定位了1个python-logging模块引起的死锁问题: 
    在多线程进程中运行fork,导致logging的锁被锁住后fork到新进程、但解锁线程没有fork到新进程而导致死锁。。

    • 查看调用栈 
      如果发现某线程有问题,切换到此线程上,查看调用栈确定具体执行步骤,使用bt 命令:
    (gdb) bt
    #16 0x00007febea8500bd in PyEval_EvalCodeEx (co=<optimized out>, globals=<optimized out>, locals=locals@entry=0x0, args=<optimized out>, argcount=argcount@entry=1, kws=0x38aa668, kwcount=2, defs=0x3282a88, defcount=2, closure=closure@entry=0x0) at /usr/src/debug/Python-2.7.5/Python/ceval.c:3330
    
    ...
    
    #19 PyEval_EvalFrameEx (f=f@entry=Frame 0x38aa4d0, for file t.py, line 647, in run (part_num=2, consumer=<...

    bt 命令不仅可以看到c的调用栈,还会显示python源码的调用栈。 上图中,frame-16是c的调用栈,frame-19显示python源代码的所在行。

    如果只查看python代码的调用栈,则使用py-bt命令:

    (gdb) py-bt
    #1 <built-in method poll of select.epoll object at remote 0x7febeacc5930>
    #3 Frame 0x3952450, for file /usr/lib64/python2.7/site-packages/twisted/internet/epollreactor.py, line 379, in doPoll(self=<... l = self._poller.poll(timeout, len(self._selectables))
    #7 Frame 0x39502a0, for file /usr/lib64/python2.7/site-packages/twisted/internet/base.py, line 1204, in mainLoop (self=<...

    py-bt显示python源码的调用栈、调用参数以及所在行的代码。

    • coredump 
      如果要进行长时间跟踪,最好 coredump下python程序的全部进程信息,之后再分析core文件,避免影响正在运行的程序。
    (gdb) generate-core-file

    这条命令将当前gdb attach的程序dump到其运行目录,命名为core.,然后使用gdb 加载该core文件,进行打印堆栈、查看变量等分析,无需attach到正在运行的程序:

    # gdb python core.<pid>
    • 其他命令 
      其他命令可以在gdb输入py 查看,与gdb的命令对应,例如:
    (gdb) py
    py-bt               py-list             py-print            python
    py-down             py-locals           py-up               python-interactive

    -py-up、py-down 可移动到python调用栈的上一个或下一个frame; 
    -py-locals 用来打印局部变量…… 
    gdb中也可用help命令查看帮助:

    (gdb) help py-print
    Look up the given python variable name, and print it

    在这次追踪过程中,用gdb-python排除了程序逻辑问题。接下来继续追踪内存泄漏问题。

    pyrasite: 连接进入python程序

    pyrasite可以直接连上一个正在运行的python程序,打开一个类似ipython的交互终端来运行命令、检查程序状态。

    这为调试提供了极大的方便。 
    安装:

    # pip install pyrasite
    ...
    
    # pip show pyrasite
    Name: pyrasite
    Version: 2.0
    Summary: Inject code into a running Python process
    Home-page: http://pyrasite.com
    Author: Luke Macken
    ...

    连接到有问题的python程序,开始收集信息:

    pyrasite-shell <pid>
    >>>

    接下来就可以在进程里调用任意python代码,查看进程状态。

    psutil 查看python进程状态

    pip install psutil

    首先查看python进程占用的系统内存RSS:

    pyrasite-shell 11122
    >>> import psutil, os
    >>> psutil.Process(os.getpid()).memory_info().rss 29095232

    基本与ps命令显示结果一致:

    rss the real memory (resident set) size of the process (in 1024 byte units)

    guppy 获取内存使用的各种对象占用情况 
    guppy 可以打印各种对象所占空间大小,如果python进程中有未释放的对象,造成内存占用升高,可通过guppy查看。

    同样,以下步骤是通过pyrasite-shell,attach到目标进程后操作的。
    # pip install guppy
    from guppy import hpy
    h = hpy()
    
    h.heap()
    # Partition of a set of 48477 objects. Total size = 3265516 bytes.
    #  Index  Count   %     Size   % Cumulative  % Kind (class / dict of class)
    #      0  25773  53  1612820  49   1612820  49 str
    #      1  11699  24   483960  15   2096780  64 tuple
    #      2    174   0   241584   7   2338364  72 dict of module
    #      3   3478   7   222592   7   2560956  78 types.CodeType
    #      4   3296   7   184576   6   2745532  84 function
    #      5    401   1   175112   5   2920644  89 dict of class
    #      6    108   0    81888   3   3002532  92 dict (no owner)
    #      7    114   0    79632   2   3082164  94 dict of type
    #      8    117   0    51336   2   3133500  96 type
    #      9    667   1    24012   1   3157512  97 __builtin__.wrapper_descriptor
    # <76 more rows. Type e.g. '_.more' to view.>
    h.iso(1,[],{})
    # Partition of a set of 3 objects. Total size = 176 bytes.
    #  Index  Count   %     Size   % Cumulative  % Kind (class / dict of class)
    #      0      1  33      136  77       136  77 dict (no owner)
    #      1      1  33       28  16       164  93 list
    #      2      1  33       12   7       176 100 int

    通过以上步骤可排除python进程中存在未释放的对象的可能。

    无法回收的对象

    python本身带有垃圾回收,但同时满足以下2个条件时,python程序中个别对象则无法被回收(uncollectable object) : 
    - 循环引用 
    - 循环引用链上某对象定义了del方法

    官方解释是:循环引用的一组对象被gc模块识别为可回收,但需先调用每个对象上的del才可被回收。当用户自定义了del的对象,gc系统无法判断应先调用环上的哪个del,因此无法回收这类对象。

    不能回收的python对象会持续占据内存,因此,我们推测有不能被回收的对象导致了内存持续升高。

    最终确定不是由这种问题引起的内存无法释放。不能回收的对象仍可通过gc.get_objects() 列出,并会在gc.collect()调用后加入gc.garbage的list里。但目前尚未发现这类对象的存在。 
    查找uncollectable的对象:

    pyrasite-shell 11122
    >>> import gc
    >>> gc.collect() # first run gc, find out uncollectable object and put them in gc.garbage
                        # output number of object collected
    >>> gc.garbage   # print all uncollectable objects
    []                 # empty

    如果打印出任何不能回收的对象,则需进一步查找,确定循环引用链上哪个对象包含del方法。

    下面应用1个例子来演示如何生成不能回收的对象:

    from __future__ import print_function
    import gc
    
    '''
    This snippet shows how to create a uncollectible object:
    It is an object in a cycle reference chain, in which there is an object
    with __del__ defined.
    The simpliest is an object that refers to itself and with a __del__ defined.
    
        > python uncollectible.py
    
        ======= collectible object =======
    
        *** init,     nr of referrers: 4
                      garbage:         []
                      created:         collectible: <__main__.One object at 0x102c01090>
                      nr of referrers: 5
                      delete:
        *** __del__ called
        *** after gc, nr of referrers: 4
                         garbage:         []
    
        ======= uncollectible object =======
    
        *** init,     nr of referrers: 4
                      garbage:         []
                      created:         uncollectible: <__main__.One object at 0x102c01110>
                      nr of referrers: 5
                      delete:
        *** after gc, nr of referrers: 5
                      garbage:         [<__main__.One object at 0x102c01110>]
    
    '''
    
    def dd(*msg):
        for m in msg:
            print(m, end='')
        print()
    
    class One(object):
    
        def __init__(self, collectible):
            if collectible:
                self.typ = 'collectible'
            else:
                self.typ = 'uncollectible'
    
                # Make a reference to it self, to form a reference cycle.
                # A reference cycle with __del__, makes it uncollectible.
                self.me = self
    
        def __del__(self):
            dd('*** __del__ called')
    
    def test_it(collectible):
    
        dd()
        dd('======= ', ('collectible' if collectible else 'uncollectible'), ' object =======')
        dd()
    
        gc.collect()
        dd('*** init,     nr of referrers: ', len(gc.get_referrers(One)))
        dd('              garbage:         ', gc.garbage)
    
        one = One(collectible)
        dd('              created:         ', one.typ, ': ', one)
        dd('              nr of referrers: ', len(gc.get_referrers(One)))
    
        dd('              delete:')
        del one
    
        gc.collect()
    
        dd('*** after gc, nr of referrers: ', len(gc.get_referrers(One)))
        dd('              garbage:         ', gc.garbage)
    
    if __name__ == "__main__":
        test_it(collectible=True)
        test_it(collectible=False)

    上面这段代码创建了2个对象:1个可回收、1个不可回收,它们都定义了del方法,唯一区别在于是否引用了自己(从而构成了引用环)。

    如果在这个步骤发现了循环引用,则需进一步查出具体哪些引用关系造成了循环,进而破坏循环引用,最终让对象可回收。

    objgraph 查找循环引用

    # pip install objgraph
    pyrasite-shell 11122
    >>> import objgraph
    >>> objgraph.show_refs([an_object], filename='sample-graph.png')

    以上例子中,将在本地生成一个图片,描述可以由an_object引用到的关系图:

    这里写图片描述

    在这一步我们仍未找到不能回收的对象,排除一切原因后我们推测libc的malloc实现问题。使用tcmalloc替代libc默认的malloc后问题最终得到修复。

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