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1、OTU是什么？
OTU（operational taxonomic units），即操作分类单元。通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性，继而设置特定的分类阈值，获得同一阈值下的距离矩阵，进行聚类操作，形成不同的分类单元。专业解释太书面不好理解？没事儿，给你举个“栗子”就明白了！
2、OTU在16S测序中有何用？
高通量测序得到的16S序列有成千上万条，如果对每条序列都进行物种注释的话，工作量大、耗时长，而且16S扩增、测序等过程中出现的错误会降低结果的准确性。在16S分析中引入OTU，首先对相似性序列进行聚类，分成数量较少的分类单元，基于分类单元进行物种注释。这不仅简化工作量，提高分析效率，而且OTU在聚类过程中会去除一些测序错误的序列，提高分析的准确性。
3、OTU如何聚类？
OTU聚类的方法多种多样，如Uclust、cd-hit、BLAST、mothur、usearch和 prefix/suffix，这些聚类方法均可以在QIIME软件中实施。不同聚类方法基于不同的算法，得到的聚类结果虽然不同，但是大体的聚类流程都是一致的：
温馨提示：嵌合体序列是RCR扩增时，两条不同的序列产生杂交、扩增的序列。
4、OTU跟物种的关系
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OTU聚类后，挑选出每个OTU中的代表序列，与RDP、Sliva或GreenGene等数据库进行比对，进行物种注释。
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OTU和物种是映射关系，它们一一对应或多对一，如下图所示。
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在上图中，A、B、C分别表示OTU 1、OTU m和OTU n中有A、B、C条reads，假设OTU 1和OTU m比对到物种1，那么物种1的丰度是A+B；同理假设OTU n比对到物种2，物种2的丰度是C。