文檔格式
对外
適合presentation
产品的需求是word。
如果是对外的，给其他合作公司看的，那么pdf输出，changelog，乃至可调试的环境比较重要
对内
適合版本管理
开发这边，后台我们用markdown把一些开发规范、设计方案之类的都用markdown。
wiki
如果是对内的，自己备查或者指导新人的，那么日常维护方便，和代码结合紧密比较重要
texmacs这个软件很赞，wysiwyg（所见即所的），格式是文本（易于版本管理），快捷键还算方便、一些插入图表的特性不错、容易输出各种格式（pdf、ps、html...)，体积还算小巧（几十兆）
我们目前强制要求使用word的审阅功能， 有什么变更一目了然， 再配合版本控制工具， 查看两个版本之间的差别很轻松。
markdown什么的虽然可以通过版本控制来查看变更， 但是感觉是给开发人员用的， 对于非开发人员不友好。
写表格的话可以试试 reStructuredText, 比起Markdown更适合于写长篇说明文档。 这里有一些讨论： http://stackoverflow.com/questions/34276/markdown-versus-restructuredtext
最近也在思考这个问题。
我最近很喜欢用彩色表格，表示不同的状态，也在尝试不同的表现方式。比如删除的功能用红色块，新加的功能用橙色块等等。或者不同的部位用不同的色块。包括字体。所以我一般都输出PDF文档，避免在office上出现诡异的问题。
MD我觉得写一些简单的log，update，或者一些特别轻便的小需求可以。纯文本看起来不够漂亮，而且字体也不能达到满意的效果。
没有工具能够兼顾所有需求，所以分不同场景选用合适的工具才最好