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原因
pycharm在启动时会查找python相关的路径，如果你的python所处的文件夹下含有巨量的其它文件夹，那么在pycharm启动后Updating Indices个三五分钟都是小事。我们所需要做的就是将python所处的文件夹进行exclude操作，详细如下。
例子
就比如你使用anaconda所配置的python环境后，在pycharm中编译器直接选取anaconda文件夹下的python编译器。由于anaconda会内置许多第三方库故改文件夹下的数据量会非常巨大，pycharm启动默认读取当前路径下所有的文件索引，也就是Updating Indices，在这期间我们不能做任何程序运行以及调试。
方案
想要解决问题，请按以下步骤依次执行
这一步不用你来执行，此处只是用来说明问题 在命令行下进入python解释器，导入sys模块，再输入sys.path我们会得到python库的所有导入路径，保留它的结果(这个得出的其实是默认python解释器的环境变量)。比如：
可以看出只要包含DLLs以及Lib两个文件夹就够了
然后：进入pycharm，依次点击File->Setting->Project->Project Structure->Add content Root
点击进入，会弹出一个窗口让你选择文件路径，找到python解释器所在的根目录把除DLLs与Lib外的所有文件夹excluded掉(鼠标右键点击文件夹可以excluded掉)
按照第二步将pycharm中的所有已导入的python解释器(从File->Setting->Project->Project Structure里找ProjectInterpreter里找python解释器的路径)所在路径挨个执行一次，已导入的python解释器路径可以在这里找：
最后点击右下角apply，然后点击OK，然后将pycharm重启(其实也不用重启)，问题应该就能解决了，之后的Updating Indices会变得很快。