1、bcftools提取指定区段的vcf文件
下载安装bcftools
见如下命令：
bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf
注意：输入的vcf以gz格式存在，不然会报错：Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip
如何将vcf生成gz格式，见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式
2、vcftools提取多个指定位置（不是一段区域）的vcf文件
如果只想提取指定多个独立位置（specific position）的基因型（genotypes），则可以用到vcftools工具
（此段感谢健明兄特意提出来，语言描述的不是很清楚。）
命令行如下：
vcftools --gzvcf file.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific_position.vcf
specific_position.txt的输入格式如下：
1 842013 1 891021 1 903426 1 949654 1 1018704
参考链接：https://www.biostars.org/p/162872/