• 利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数


    首先,进入千人基因组数据库的网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

    如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs608139 

    搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。

    千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。

    国家

    Continent 

    Population (Abb)

    中国,北京

    Asian

    CHB

    日本,东京

    Asian

    JPT

    中国,南方

    Asian

    CHS

    越南

    Asian

    KHV

    来自英国的印度泰卢固语人

    Asian

    ITU

    孟加拉

    Asian

    BEB

    中国傣族,西双版纳

    Asian

    CDX

    来自英国的斯里兰卡泰米尔人

    Asian

    STU

    古吉拉特印度人,来自休斯敦,德克萨斯

    Asian

    GIH

    巴基斯坦

    Asian

    PJL

    秘鲁

    South America

    PEL

    芬兰

    Europe

    FIN

    美国洛杉矶人,墨西哥祖先

    North America

    MXL

    犹他州(CEPH),来自欧洲北部和西部的血统

    North America ( Europe ancestry)

    CEU

    托斯卡尼

    Europe

    TSI

    来自英国和苏格兰的英国人

    Europe

    GBR

    来自麦德林的哥伦比亚人,哥伦比亚

    South America

    CLM

    在西班牙的伊比利亚人

    Europe

    IBS

    波多黎各

    North America

    PUR

    非洲血统的美国人

    North America(African Ancestry)

    ASW

    非洲加勒比地区

    America

    ACB

    冈比亚人

    Africa

    GWD

    埃桑人,尼日利亚

    Africa

    ESN

    肯尼亚

    Africa

    LWK

    在塞拉利昂(非洲)曼德人

    Africa

    MSL

    约鲁巴人,尼日利亚

    Africa

    YRI

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/6701387.html
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