本周最新文献速递20220515
一、精细解读文献 一
文献题目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation
不想看英文题目： 2 型糖尿病的多血统遗传研究提高了不同人群的发现和转化能力
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
研究意义： 2 型糖尿病（T2D）的全球患病率在过去 30 年翻了两倍。虽然全基因组关联分析（GWAS）发现了很多 T2D 的易感位点，但主要集中在欧洲人群。然而，许多在欧洲人群发现的重要结论在其它人群中不可复现，这可能归因于效应大小、等位基因频率和连锁不平衡 (LD) 等的差异。为了解决这个问题，作者在多血统人群中比较了 T2D 的遗传结构。
结论：
- 总共纳入了 122 项 GWAS 研究、 180,834 例 T2D cases 和 1,159,055 个健康个体 ( 48.9% 不是欧洲祖先血统);
- 使用 MR-MEGA 进行跨祖先荟萃分析，鉴定了 277 个基因座（P< 5 × 10-8 ）,其中，11 个基因座之前未被报道过;
- 在277 个基因座中，237 个基因座、338 个信号达到更加严格的显著阈值（P< 5 × 10-9 ）；
- 虽然找到了338 个 T2D 相关的信号，但有 136 (40.2%)个信号存在异质性 (PHET<0.05)。异质性与多种因素有关，比如群体之间的连锁不平衡差异、环境互作、多基因效应、实验设计误差等。对异质性结果进行二项式分布测试，发现存在实验设计误差的情况下，预期有 16.9 个信号是异质性的，远低于实际观察到的 136 个异质性信号，说明本研究发现的多个异质性信号可能与群体遗传结构有关；
- 对欧洲群体信号和跨群体信号进行精细定位并构建 99% 置信集，发现跨群体信号的 99% 置信集变异位点中位数为 10 个，欧洲群体 99% 置信集变异位点中位数为 35 个，说明跨群体研究可以提高精细定位的结果；
- 功能注释表明 T2D 信号主要富集在蛋白质外显子、转录因子结合位点（比如NKX2.2, FOXA2, EZH 和 PDX1）以及表征活性增强子、活性启动子和转录区域的染色质状态；
- T2D 信号中，有两个错义突变上的基因之前未被报道过与 T2D 相关，分别是 MYO5C
p.Glu1075Lys (rs3825801, P=3.8×10-11) 和 ACVR1C p.Ile482Val (rs7594480, P=4.0×10-12)； - 整合分子表型（比如蛋白质水平数量性状基因座 pQTL ）和 GWAS 结果，可以提高对 T2D 疾病的理解。 比如整合 pQTL 和 BCAR1 基因座上的 GWAS 信号后，发现与 CTRB1 、CPB1、PLRP1、PRSS2 共定位。这些基因之前被报道与胰腺内分泌功能相关。说明整合 pQTL 和 GWAS 结果可为 T2D 发病机制研究提供新的思路和线索；
- 对多血统和特定血统的 T2D GWAS 结果构建多基因风险评分（GRS），发现多血统有助于提高 GRS 的表现性能。不过对于样本量较少的群体，比如非洲、西班牙和南亚，它们的 GRS 预测性能会变差；
- T2D 的自然选择分析表明 T2D 信号在千人基因组的四个非洲血统人群中受到正向选择，且同时与体重相关，但在非洲以外的地方，并无观察到这种选择优势；
亮点： 统计方法值得借鉴，尤其是对异质性检验的那段；
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01058-3
公开的资料：
无
二、精细解读文献 二
文献题目： Genetic analyses identify pleiotropy and causality for blood proteins and highlight Wnt/β-catenin signalling in migraine
不想看英文题目： 遗传分析鉴定了血液蛋白的多效性和因果关系，并突出了 Wnt/β-catenin 信号传导在偏头痛中的作用
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
研究意义： 偏头痛是一种常见的复杂疾病，具有较高遗传度。作者利用 GWAS 汇总统计数据研究多基因模型下血液蛋白和偏头痛之间的多效性。
结论：
- 分析流程如下所示：
- 总共纳入了 4625 个血液蛋白 GWAS 统计数据， GWAS 样本的中位数为 3301 个；
- 血液蛋白遗传度如下所示：
- 利用 SECA 研究偏头痛和血液蛋白之间的全基因组多效性，发现偏头痛的风险位点同时与血液 13 种蛋白质水平相关；
- 使用 MAGMA 对偏头痛 GWAS 进行基于基因水平的关联分析，在显著的基因中，有 15 个可编码为 pQTL 相关的蛋白质；
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为了鉴定影响蛋白质水平和偏头痛的多基因效应位点，作者使用了 GWAS-PW 方法进行评估。GWAS-PW 总共发了 24 个多基因效应位点、36 个蛋白质与偏头痛共享遗传结构；
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多基因效应位点排名前三的分别是 rs495828（影响 11 个蛋白质）、rs10761741（影响 7 个蛋白质）、rs10786156（影响 3 个蛋白质）；
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除了具有多基因效应的变异位点，作者还发现了一些 pQTL 位点对偏头痛具有因果效应。比如 DKK1、PDGFB、FARS2、GSTA4 和 CHIC2 上的 pQTL 位点对偏头痛具有因果作用。有意思的是 DKK1 是 Wnt/β-catenin 抑制剂，这表明通过干预 Wnt/β-catenin 信号通路可为治疗偏头痛提供一定的思路；
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亮点： 多基因效应+因果效应
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30184-z
公开的资料：
偏头痛数据：http://www.headachegenetics.org/content/datasets-and-cohorts
三、其他文献推荐
下面的文献也挺精彩的，但由于下不到原文，或博主时间有限，没法精细解读，故列出来供各位参阅；
当然，你们有精彩的文献想让我解读的（前提是一周内刚出炉的文献），可给我发pdf（然而可能种种原因，我不一定有时间解读，不要对我抱太高期待）；
文献题目： Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci
不想看英文题目： 单细胞 eQTL 模型揭示疾病位点的动态 T 细胞状态依赖性
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04713-1
文献题目： A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice
不想看英文题目： 一个自然突变等位基因塑造了小鼠的突变图谱
杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04701-5
文献题目： Single-nucleus cross-tissue molecular reference maps toward understanding disease gene function
不想看英文题目： 了解疾病基因功能的单核跨组织分子参考图谱
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4290
文献题目： The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans
不想看英文题目： Tabula Sapiens：人类多器官、单细胞转录组图谱
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4896
文献题目： Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans
不想看英文题目： 跨组织免疫细胞分析揭示了人类的组织特异性特征
杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)
文章链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl5197
文献题目： The genomic origins of the world’s first farmers
不想看英文题目： 世界上第一批农民的基因组起源
杂志和影响因子： Cell (IF: 38.637; Q1)
文章链接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00455-X
文献题目： Within-sibship genome-wide association analyses decrease bias in estimates of direct genetic effects
不想看英文题目： 同胞内全基因组关联分析减少了直接遗传效应评估的偏差
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01062-7
文献题目： DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of synthetic enhancers
不想看英文题目： DeepSTARR：从 DNA 序列预测增强子活性并实现合成增强子的从头设计
杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01048-5
文献题目： Contribution of rare whole-genome sequencing variants to plasma protein levels and the missing heritability
不想看英文题目： 罕见变异位点对血浆蛋白水平和缺失遗传度的贡献
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30208-8
文献题目： Nuclear oligo hashing improves differential analysis of single-cell RNA-seq
不想看英文题目： 哈希寡核苷酸方法优化单细胞 RNA-seq 的差异分析
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30309-4
文献题目： Proteogenomic characterization of 2002 human cancers reveals pan-cancer molecular subtypes and associated pathways
不想看英文题目： 2002 种人类癌症的蛋白质组学特征揭示泛癌分子亚型和相关途径
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30342-3
文献题目： A rare variant analysis framework using public genotype summary counts to prioritize disease-predisposition genes
不想看英文题目： 使用公共基因型汇总统计数据优先排序疾病易感基因的罕见变异分析框架
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30248-0
文献题目： Meta-analysis of sub-Saharan African studies provides insights into genetic architecture of lipid traits
不想看英文题目： 非洲撒哈拉以南荟萃分析研究提供了对脂质性状遗传结构的见解
杂志和影响因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41467-022-30098-w
文献题目： Single-cell profiling reveals periventricular CD56bright NK cell accumulation in multiple sclerosis
不想看英文题目： 单细胞分析显示多发性硬化症中脑室周围 CD56bright NK 细胞积累
杂志和影响因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35536009/
文献题目： Early life infection and proinflammatory, atherogenic metabolomic and lipidomic profiles in infancy: a population-based cohort study
不想看英文题目： 婴儿早期感染和促炎、动脉粥样硬化代谢组学和脂质组学特征：基于人群队列研究
杂志和影响因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章链接：
https://elifesciences.org/articles/75170
文献题目： A meta-analysis of the association between male dimorphism and fitness outcomes in humans
不想看英文题目： 男性二态性与人类健康结果之间关联的荟萃分析（对六种男性特征与交配/生殖结果之间的关系进行荟萃分析）
杂志和影响因子： Elife (IF: 8.14; Q1)
文章链接：
https://elifesciences.org/articles/65031
四、工具或资源类介绍
文献题目： ICARUS, an interactive web server for single cell RNA-seq analysis
不想看英文题目： ICARUS：用于单细胞 RNA-seq 分析的交互式网络服务器
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac322/6583234
文献题目： PhyloCloud: an online platform for making sense of phylogenomic data
不想看英文题目： PhyloCloud：用于系统基因组数据分析在线平台
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac324/6584435
文献题目： DLEB: a web application for building deep learning models in biological research
不想看英文题目： DLEB：用于在生物学研究中构建深度学习模型的 Web 应用程序
杂志和影响因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac369/6584781
文献题目： FIRM: Flexible integration of single-cell RNA-sequencing data for large-scale multi-tissue cell atlas datasets
不想看英文题目： FIRM：灵活整合用于多组织细胞图谱数据集的单细胞 RNA 测序数据
杂志和影响因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章链接：
https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac167/6585621
文献题目： Decoding multilevel relationships with the human tissue-cell-molecule network
不想看英文题目： 解码与人类组织-细胞-分子网络的多层次关系
杂志和影响因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章链接：
文献题目： RNMFLP: Predicting circRNA–disease associations based on robust nonnegative matrix factorization and label propagation
不想看英文题目： RNMFLP：预测 circRNA-疾病关联的方法
杂志和影响因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)
文章链接：
致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX
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