基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点:
bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr22.vcf.gz
- --types snps -m 2 -M 2 指的是保留双等位基因(biallelic sites);
- 0.05:minor 指的是次等位基因频率大于0.05;
- genotypes.chr22.vcf.gz 指的是过滤后的输出文件;