一、合并文件
plink合并文件需要用到“merge”参数
如果是ped和map格式文件，则用以下命令：
plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge
如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令：
plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge
如果都是二进制文件，则用以下命令：
plink --bfile data1 --bmerge data2.bed data2.bim data2.fam --make-bed --out merge
如果是合并多个文件，则用以下命令：
/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --merge-list batch.txt --make-bed --out batch
batch.txt的文件格式如下：
file1.bed file1.bim file1.fam
file2.bed file2.bim file2.fam
二、更新SNP位置
假设更新 rs10002到位置580000，如下所示：
原始文件：
...
rs10001 500000
rs10002 580000
rs10003 540000
rs10004 560000
...
新的文件：
...
rs10001 500000
rs10003 540000
rs10004 560000
rs10002 580000
...
更新SNP位置可以采用plink的“--update-name ”和“--update-chr”参数
具体命令如下：
./plink --bfile mydata --update-map rsID.lst --update-name --make-bed --out mydata2
或者
./plink --bfile mydata --update-map chr-codes.txt --update-chr --make-bed --out mydata2
rsID.lst的输入格式如下：
SNP_A-1919191 rs123456
SNP_A-64646464 rs222222
...
chr-codes.txt的输入格式如下：
rs123456 1 rs987654 18 rs678678 X ..
参考链接：
1、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#merge
2、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#updatemap