对于有强迫症的人来说，这很难受。
网上查了资料，下面是解决方法之一，不过，对于我的没有效果。
Sublime Text 3总是出现“1 missing dependency was just installed.”
我最终的解决方法是：
用户自定义设置（Preferences > Settings - User）里的 "ignored_packages" 添加上 "Package Control" ，就好了。
"ignored_packages": [ "phpfmt", "SublimeLinter", "Vintage", "Package Control" ]