http://blog.bossma.cn/mono-2/ubuntu-application-launcher-has-not-been-marked-as-trusted-solution/
由于Ubuntu14.04的软件中心中monodevelop的版本是4.0，想体验最新的，通过ppa安装了一个monodevelop 5.0，但是点击monodevelop.desktop却提示：
应用程序启动器“monodevelop.desktop”还没有被标记为可信任的。
于是在网上查询解决方案，在ubuntu中文论坛找到一个帖子提到这个问题的解决方法，尝试之解决。
帖子地址：http://forum.ubuntu.org.cn/viewtopic.php?t=393942
这里再整理一个详细的解决步骤：
1、通过快捷键Ctrl + Alt + T打开终端命令操作窗口，输入：sudo nautilus，然后根据提示输入密码，输入完毕可能会出现些警告信息，不用管。
nautilus这个命令是用于以root权限打开文件管理窗口。
2、在这个界面中通过“计算机”进入monodevelop.desktop所在文件夹。
3、在文件monodevelop.desktop上点击右键，选择属性，在属性窗口中点击权限选项卡，选择所有者为root，勾选允许作为程序执行文件，点击关闭。
4、然后双击这个文件就可以运行了，没有了错误提示。
类似问题应该都可以用这个方法解决。