Cuffmerge的使用
1. Cuffmerge简介
Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。
2. 使用方法
$ cuffmerge [options]* <assembly_GTF_list.txt> 输入文件为一个文本文件，是包含着GTF文件路径的list。
常用例子： $ cuffmerge -o ./merged_asm -p 8 assembly_list.txt
3. 使用参数
-h | --help -o <output_dir> default: ./merged_asm 将结果输出至该文件夹。
-g | --ref-gtf 将该reference GTF一起融合到最终结果中。
-p | --num-threads <int> defautl: 1 使用的CPU线程数
-s | --ref-sequence <seq_dir>/<seq_fastq> 该参数指向基因组DNA序列。如果是一个文件夹，则每个contig则是一个fasta文件；如果是 一个fasta文件，则所有的contigs都需要在里面。Cuffmerge将使用该ref-sequence来 帮助对transfrags分类，并排除repeats。比如transcripts包含一些小写碱基的将归类 到repeats.
4. Cuffmerge输出结果 输出的结果文件默认为 <output_dir>/merged.gtf
来源：
http://www.chenlianfu.com/?tag=cufflinks