很大可能是因为你删除了目录后导致了应用程序的重启
最简单的办法就是不要使用默认的方式也即
InProc（默认，进程内的会话状态）：Session存储在IIS进程中（Web服务器内存）。如果使用的是Windows 2000 Server或Windows XP，IIS使用aspnet_wp.exe进程，如果使用的是Windows 2003 Server，IIS使用w3wp.exe。
InProc拥有最好的性能。但进程内Session很容易丢失Session信息。如果重启了应用程序，所有的Session信息就会丢失。而很多原因都会导致ASP.NET应用程序的重启。
修改了Web.Config或Global.asax文件，或改变了文件的修改日期。
修改了\bin或\App_Code目录里的文件。
防病毒软件修改了上述文件等等
你可以考虑以下两种方式
StateServer(进程外的会话状态)：Session存储在独立的Windows服务进程aspnet_state.exe中
如果要启用StateServer中的Session状态，首先要在”控制面板”--“管理工具”--“服务”中，启用ASP.NET State Services(ASP.NET 状态服务)，并将此服务设置为Automatic（自动启动）
启动ASP.NET状态服务后，需要配置ASP.NET应用程序来使用它。
我们需要在Web.Config文件中system.web节点中添加如下代码
<sessionState mode="StateServer" stateNetworkTimeout="20"
stateConnectionString="tcpip=127.0.0.1:42424" />
首先，mode属性被设为StateServer。接着，stateConnectionString属性用来指定ASP.NET状态服务器端的位置。连接位置被创建为在127.0.0.1，端口42424。最后，stateNetworkTimeout属性用来指定连接超时的秒数。
需要注意的是，此时必须把对象标注为可序列化后（使用Serializable特性标记需要序列化的类）才能在服务中进行存储。Microsoft建议所有的开发人员在开发过程中都使用进程外的会话状态，以避免项目如果切换到其他进程外的提供程序或SqlServer而导致站点的错误。
或者使用
SqlServer：Session存储在SqlServer数据库的表中，可以用aspnet_regsql.exe配置它（SqlServer服务器）