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通过apt-get方式安装PHP和自己手动编译两种方式的配置文件有些差异。这里只说下通过apt-get方式安装的情况（我没自己编译过）。
配置文件默认放在/etc/php5目录下。
以下是我机器中/etc/php5目录详情：
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/etc/php5$>ls -l */
apache2/:
总计 68
lrwxrwxrwx 1 root root 9 2010-11-22 23:21 conf.d -> ../conf.d
-rw-r--r-- 1 root root 67547 2010-10-15 22:33 php.ini
cli/:
总计 68
lrwxrwxrwx 1 root root 9 2010-11-22 23:21 conf.d -> ../conf.d
-rw-r--r-- 1 root root 67545 2010-10-15 22:33 php.ini
conf.d/:
总计 8
-rw-r--r-- 1 root root 54 2010-10-15 22:33 curl.ini
-rw-r--r-- 1 root root 52 2010-10-15 22:33 pdo.ini
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可以看出，在etc/php5目录下有三个文件夹：apache2，cli，conf.d。
其中：
apache2，cli下都有php.ini文件,且彼此独立;
apache2，cli下有conf.d,且均是指向../conf.d(即/etc/php5/conf.d)的符号链接。
不 同的SAPI使用不同的配置文件。如果是apache，则使用etc/php5/apache2目录下的配置文件，如果是命令行（CLI）则使用/etc /php5/cli目录下的配置文件。而/etc/php5/conf.d目录下的*.ini文件是针对某一扩展的额外配置文件，且是通用的（所以其他俩 个目录都有到这个目录的符号链接）。
由此我们可以知道php的配置文件被分割成了俩部分，一部分是主配置文件（php.ini），另一部分是额外的配置文件（如配置某个扩展的配置文件curl.ini）。另外不同的SAPI有各自独立的主配置文件(php.ini)。
以上是通过apt-get方式安装的情况。通常情况下，PHP配置文件只有一个，即php.ini。所有配置信息都在这一个文件里。然而分开配置使配置信息更加清晰和模块化。
通过phpinfo()可以找到配置文件路径的相关信息。
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//showinf.php
<?php phpinfo(); ?>
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在浏览器中打开showinf.php，会看相关信息，下面是节选：
可以看到系统会自动扫描conf.d下的*.ini文件。
因此,该修改哪个配置文件要视具体情况而定,比如作为apache的模块运行web服务就要修改apache2下的php.ini，作为shell脚本运行则修改cli下的.
附加组件的配置信息写到各自的×.ini中.