一、提取fasta序列
已知参考基因组合一个bed文件区间,如何将该区间内的序列提取出来,以fasta格式保存,使用bedtools getfasta
''' Usage: bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf> -fo <fasta> ''' bedtools getfasta -fi Mus_musculus.GRCm38.dna.primary_assembly.fa -bed exon.bed -fo exon.fa