原文:http://www.blogjava.net/hongjunli/archive/2009/03/01/257216.html
本文以免安装版的mysql（Without installer）为例，对如何在Windows上安装多个MySQL进行讲解。
免安装版的mysql（Without installer），其安装包的文件名类似于mysql-noinstall-5.1.31-win32.zip。因为它包含了完整安装包中除配置向导以外的全部文件，所以需要你手动安装和配置MySQL的配置文件（my.ini）。
文/李红军 http://hongjunli.blogjava.net/ 转载请保留出处 ...
在Windows上安装多个MySQL的具体步骤如下：
（一）安装MySQL 5.1
1、MySQL免安装版下载地址
http://dev.mysql.com/downloads
文件格式：mysql-noinstall-version-win32.zip
在安装之前，请下载mysql-noinstall-5.1.31-win32.zip和mysql-noinstall-5.0.77-win32.zip这两个文件。
由于MySQL一直在升级，所以当您阅读本文时，或许在其官方网站上已提供了新的正式版下载，因此，请进入MySQL下载页面 http://dev.mysql.com/downloads/ 查找当前的最新可用版本。
另外，在下载过程中，会提示你需要注册为网络用户，这是一个很简短的过程，它需要您提供一个有效的email地址。当然，如果不注册的话，你也可以跳过此步，直接下载既可。
2、解压缩并放置到你期望的目录下 (建议放置在不包含空格的目录下，如E:mysql )
为了方便，修改解压缩后的文件夹名为mysql，并放置在C:mysql (因为是配置文件里默认的路径。)
将下载后的mysql-noinstall-5.0.77-win32.zip解压到%MySQL_HOME%（此处%MySQL_HOME%表示MySQL的安装路径（配置环境变量)，如我将其解压至E:dev，为了方便，修改解压缩后的文件夹名为mysql-5.1.31）。另外，为了便于日后备份和升级，最好把安装文件中的data目录存放在其它地方。此处，我在E盘新建一个目录"MySQL5.1Data"，然后把"E:devmysql-5.1.31"目录下的"data"子目录剪切到"E:MySQL5.1Data"目录中。
3、创建一个配置文件
对于服务器每次启动都用到的选项和对MySQL服务的一些设置，你会发现使用配置文件来指定MySQL配置非常方便。
MySQL配置文件，一般放在Windows系统目录中，如C:WINDOWS 或C:WINNT ，名为my.ini 。但是，此处我们是安装两个MySQL，因此将其放在MySQL解压缩后的文件夹中。在该文件夹中，一般包含5个MySQL自带的配置文件，my-small.ini、my-medium.ini、my-large.ini、my-huge.ini和my-innodb-heavy-4G.ini，请你根据自己机器的内存大小，选择其一，并把它重新命名为my.ini用作基本配置文件。
配置文件中的一些参数，需要根据安装目录的不同，做相应的修改，如
[WinMySQLAdmin]
Server=E:/dev/mysql-5.1.31/bin/mysqld.exe
[mysqld]
basedir=E:/dev/mysql-5.1.31
datadir=E:/MySQL5.1Data/data
default-character-set=gbk
port=3306
[client]
default-character-set=gbk
port=3306
4、将MySQL加入到Windows 的服务中
打开MS-DOS窗口，进入DOS环境，切换到"%MySQL_HOME%in"目录
运行： %MySQL_HOME%in>mysqld --install mysql5.1
（此时，在运行中输入"services.msc"或者打开"控制面板"->"管理工具"->"服务"，可以看到服务列表中存在"MySQL5.1"服务。如果不希望它自动运行，也可以改为手动，这样，当你不用它的时候，也可以节省内存。）
5、启动和停止MySQL服务
%MySQL_HOME%in>net start mysql
或者进入DOS环境，进入如下目录运行：%MySQL_HOME%inmysqld.exe(或直接双击mysqld.exe文件），即可启动MySQL服务
%MySQL_HOME%in>net stop mysql（停止MySQL服务）
注：如果要卸载MySQL服务，请运行%MySQL_HOME%in>mysqld --remove
（如果你不再需要MySQL了，请先停掉MySQL的服务，然后再把MySQL的服务卸载掉，最后删除MySQL安装目录即可。）
6、进入MySQL。
%MySQL_HOME%inmysql -uroot -p (密码为空)
(如果出现ERROR 2003 (HY000): Can't connect to MySQL server on 'localhost' (10061)提示，表示MySQL服务没有被启动，其主要的原因在于，配置文件写的不对。
如果出现ERROR 1045 (28000): Access denied for user [email=]'root'@'localhost'[/email] (using password: NO)提示，表示MySQL服务已经启动，但是你所输入的密码不正确。
如果出现1067的错误：A system error has occurred.System error 1067 has occurred.The process terminated unexpectedly.提示，无法启动MySQL服务，进程意外终止，表示你的配置文件有问题，请检查my.ini里面的路劲是否写错了或者试着删除MySQL5.1Data文件中的LOG文件。)
mysql>select version(); (显示目前你所安装的MySQL的数据库版本信息)
如果上面的所有操作步骤均正常的话，那么恭喜你，你已安装好了MySQL 5.1，下面我们继续安装MySQL 5.0.
（二）安装MySQL 5.0
安装MySQL 5.0的步骤与安装MySQL 5.1的步骤类似，其中，有两个需要注意的地方为，
（1）在创建MySQL 5.0的配置文件时，port要设置成非3306（如3307等）端口。
（2）将MySQL加入到Windows 的服务中：
打开MS-DOS窗口，进入DOS环境，切换到"%MySQL_HOME%in"目录
运行：
%MySQL_HOME%in>mysqld-nt --install mysql5.0
注意：mysqld（或mysqld.exe）是 MySQL server数据库服务器的相关程序，
而mysqld-nt（或mysqld-nt.exe）是MySQL Daemon数据库服务的相关程序，
在MySQL 5.1（此处的版本为5.1.31）中仅有mysqld（或mysqld.exe），在MySQL 5.0（此处的版本为5.0.77）中，这两者都有。
参考资料：
MySQL 5.6 for Windows 解压缩版配置安装http://jingyan.baidu.com/article/f3ad7d0ffc061a09c3345bf0.html