如果你有使用InnoDB来存储你的Mysql表，使用默认设置应该会碰到个非常头疼的问题，在Mysql的数据目录里有个默认只有10MB叫
ibdata1的文件没日没夜的增长让你烦透了吧？里面包含了InnoDB引擎存储的所有索引和数据信息，很可惜Mysql在设计的时候就没有收缩
InnoDB表的功能，这就是为什么你在delete,truncate,drop这些表的时候这个文件大小没有丝毫要减少的原因，而且你还没办法直观的
看到哪个数据库占用了大量的ibdata1，这个坑爹的问题在新版的Mysql中已经通过innodb_file_per_table这个选项来解决了，开启该选项后，每个InnoDB表的索引和数据都会按*.ibd命名存储到各个数据库中，但是这个选项默认是不开启的。
如上所说，你没法去收缩InnoDB数据文件，你也没办法在一台没有打开innodb_file_per_table选项的机器上直接加上该选项让 他工作，你必须在安装完Mysql就加上这个选项，或者按照本文介绍的三种方式来操作，无论你做任何操作，请确保你已经备份了整个数据库目录，也别忘了停 掉Mysql相关的一些服务。
前两个方法需要获取到Mysql数据库实例中所有InnoDB的清单，如果你使用的是5.0以上的版本，这一切都很容易：SELECT TABLE_SCHEMA,TABLE_NAME FROM TABLES WHERE ENGINE = ‘InnoDB’;
修改表引擎
1.对每个InnoDB表执行 ALTER TABLE table_name ENGINE=MyISAM;
2.停止Mysql服务；
3.移除InnoDB相关文件ibdata1等；
4.修改my.cnf中的参数，添加innodb_file_per_table；
5.启动Mysql服务；
6.将刚才修改后的那些表改回InnoDB：ALTER TABLE table_name ENGINE=InnoDB；
导出InnoDB表
1.使用mysqldump命
令导出所有的InnoDB表，例如: mysqldump –add-drop-table –extended-insert
–disable-keys –quick ‘db_name’ –tables ‘tbl_name’ >
‘db_name.tbl_name.sql’
2.删掉这些表：
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
◦DROP TABLE db_name.tbl_name;
◦DROP TABLE db_name1.tbl_name1;
◦–– DROP other tables here…
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
3.停止Mysql服务；
4.移除InnoDB相关文件ibdata1等；
5.修改my.cnf中的参数，添加innodb_file_per_table；
6.启动Mysql服务；
7.在Mysql Console下导入表：
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
◦SOURCE db_name.tbl_name.sql;
◦SOURCE db_name1.tbl_name1.sql;
◦–– SOURCE other files here…
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
导出整个数据库
这个是我常用的，虽然他和耗磁盘和时间，但是确实是最简便的：
1.导出所有的数据： /usr/bin/mysqldump ––extended-insert ––all-databases
––add-drop-database ––disable-keys ––flush-privileges ––quick ––routines
––triggers > all-databases.sql
2.停止Mysql服务；
3.重命名mysql数据文件夹；
4.修改my.cnf中的参数，添加innodb_file_per_table；
5.mysql_install_db重新初始化mysqld；
6.开启Mysql服务;
7.进入Mysql Console执行：
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
◦SOURCE all-databases.sql;
◦SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
8.重启数据库测试OK就领赏去吧。
原文来自:http://www.111cn.net/database/mysql/53013.htm