系统设计者会遇到较短的设计周期、标准发展和系统调度的挑战，飓风III系列支持远程系统更新，通过其固有的重编程功能和专有电路来克服以上问题。远程系统更新帮助传递系统性能增强和bug修复，避免了昂贵的召回，缩短了产品投产时间，延长了产品生命周期。
Cyclone III系列芯片内置专用远程系统更新电路，这是Cyclone III系列芯片特有的，帮助避免系统下载时间。器件中实现的软逻辑（Nios II 内嵌处理器或者用户逻辑）从远处下载新的配置信息（configuration image），将其存储在配置存储单元（如串行配置芯片）中，引导专用远程更新电路初始化一个新的重配置周期。
远程系统更新可以通过AS和AP配置模式实现，另外还可以通过AS模式实现实时非压缩的配置。
功能描述如下所示：
远程系统更新功能框图：
AS和AP模式下的远程系统更新框图：
这里只是一个功能介绍，具体的实现详见Cyclone III 数据手册“Remote System Upgrade With Cyclone III Devices”部分。