为了使用Gromacs（优秀的分子动力学模拟（Moleculer Dynamics Simulation软件））和Pymol，需要搭建一个评估性的计算平台，尝试了一系列Linux发行版本，希望可以寻找出一个稳定易用的解决方案。
一、需求分析
1.1 用户群
面向实验室的老师和同学，大多数对Linux不熟悉，希望系统的界面尽可能的与Windows类似。
1.2 软件需求
需要能够稳定运行Gromacs 4.5.5以上版本，能够运行Pymol并显示蛋白质分子模型；最好还能够运行Matlab。
1.3 硬件平台
硬件平台有四种：
- Dell工作站：i7-3 ，16G内存，HD7750显卡；
- OPTILEX 320台式机：Intel E2160，1G内存，Ati Radeon Express 200集成显卡；
- Optilex 360台式机：Intel Core E7400，2G内存，Ati HD2400独立显卡；
- Asus A52J笔记本：Intel P ，4G内存，AMD 6450M独立显卡。
其中，大部分计算工作都将在工作站进行，常常需要7*24小时满负荷运行。大部分分析工作会在2、3号台式机上进行，有少量工作会在笔记本上进行。
1.4 网络环境
实验室网络需要使用“神州数码”客户端拨号才能上网；几台电脑都不在同一个网段，无法通过SSH登录远程操作；笔记本需要通过PPPOE无线拨号，或者使用“神州数码”。
二、系统测试
2.1 桌面选择
测试了Ubunut14.04的Unity桌面，Xubuntu14.04的Xfce桌面，Lubuntu 14.04的LXDE桌面、Deepin Linux的深度桌面以及OpenSuse 13.1的KDE桌面。
感觉KDE桌面最美观，但是对系统硬件有一定要求，实验室的2号台式机无法正常运行，放弃。
Unity的桌面的操作方式比较独特，试用时怎么都找不到已经安装的程序，只能从Terminal启动，对其它用户不友好。
深度桌面非常美观易用，但是不支持AMD的Proprietary Driver，工作站显卡发热量很大，在工作站运行了一个月后出现显卡损坏现象，放弃。
LXDE太过简陋，在2号机上试用一段时间后，受不了比较丑陋的字体，放弃。
最终选择：Xfce。
2.2 显卡驱动
2号机的Ati Radeon Express 200集成显卡已经被AMD放弃支持，只能使用开源驱动。但是使用Xubuntu14.04自带的开源驱动时，Pymol无法正常显示蛋白质分子模型。
3号机的只能使用AMD Catalyst™ 13.1 驱动，但是不支持较新的系统(Xorg 6.9 to Xserver 1.12 and Kernel version up to 3.4)；使用Xubuntu14.04的开源驱动时，可以正常使用Pymol。
Asus A52J的Radeon 6450M独立显卡使用AMD Catalyst™ 13.6以上版本Legacy Driver会出现黑屏（主屏幕亮度为0，外接显示器正常）的现象，已经被证实为驱动的Bug（Unofficial AMD Bugzilla – Bug 939），而且直到目前最新驱动14.12都没有解决。目前使用开源驱动，开启DPM后显卡发热量也不太大；但性能不如私有驱动。
工作站原本安装的是Deepin Linux，在使用一段时间后决定换到Ubuntu14.04 LTS版本。直接在官方网站上下载的14.04.2进行的安装，但是发现Ubuntu14.04.2无法安装AMD Catalst 14.12驱动，这是因为14.04.2是LTS Enablement Stacks版本，软件仓库出现的问题(参见：CCHtml ;Ubuntu Forum)。
参考Ubuntu软件路线图：
决定从Old-release下载Ubuntu14.04.1安装。
2.3 网卡驱动
14.04以上自带网卡驱动。
12.04台式机的USB无线网卡需要编译安装。
三、软件与设置
3.1 制作安装U盘
在Windows下使用Universal USB Installer制作启动U盘，过程非常的简单，细节不表。
3.2 网络设置
PPPOE：首先需要用Wifi连接ChinaNet，然后再进行PPPOE拨号，所以需要对网络进行设置。拨号使用pppoeconf
神州数码：使用aecium ，使用前需要在"~"目录下建立.aecium文件。
aeium
3.3 软件与软件源
默认使用cn软件源速度很快，不需要改变。
在更新系统与安装语言包之前，删除不需要的软件（比如Thunderbird, xChat, Pidgin之类）
3.4 更新系统与语言
工作站直接安装的英文版系统，系统会自动设定地区安装输入法。Ubuntu14.04.1自带ibus-PinYin，但是不太好用。安装Ibus-rime并设置为默认输入法。
其它电脑安装的Xubuntu，并安装Fcitx输入法。在Fcitx中，可以使用ctrl+alt+p关闭关掉预编辑区。
sudo apt-get upgrade 或 sudo apt-get dist-upgrade
3.5 电源设置
安装tlp和laptop-mode，笔记本电池使用时间一下从1.5小时变到2.5小时
3.6 安装软件
直接用软件中心安装已经编译好的Pymol和Gromacs，并安装了TexLive和Kile。
四、细节
4.1 开机顺序
大部分人大部分时间需要在Windows下工作，Grub2显示的默认开机选项为Ubuntu，因此需要更改为Windows。
首先使用以下命令更新Grub：
sudo update-grub
之后修改 /etc/defautl/grub 文件，开机选项从0开始记数，这里需要选择为4。
4.2 Grub2设置
Optilex 320号安装完成后，开机不出现Grub菜单而显示：Can not display this video mode - optimal resolution 1280 60Hz。
在askubuntu上查到解决方法：
gksu gedit /etc/default/grub Replace GRUB_GFXMODE=640x480 (or whatever resolution is default, I don't remember exactly) by GRUB_GFXMODE=1280x800 (or GRUB_GFXMODE=1280x1024 if it's not widescreen). Save the file. Open a terminal and run sudo update-grub
Update（2014.7.1）: 在Optilex 320台式机上，安装Xubuntu14.04后，只要把GRUB_GFXMODE前面的#号去掉，采取默认的640×480就可以显示Grub界面了。
4.3 Xfce Session设置
发现每次开机都自动运行Firefox 和Terminal终端（其实是恢复第一次关机时的状态）：
Xfce有自动保存Session的功能，默认是选择的，而我在第一次关机时选择了保存Session ，第二次关机里取消了选择，结果每次开机都以第一次保存的Session为启动默认选项。
解决方法：关闭所有程序，在关机选项选择“保存会话用于将来登录”，注消；再登录，取消选项。以后再使用就不会出现这样的情况了。
4.4 LXDE下Fcitx设置
在Lubuntu中遇到无法启动fcitx输入法的情况（同样会出现在Linux mint xfce版本里，而在Xubuntu下则会自动安装依赖）：
在Bash下运行Fcitx可以看到：no user interface available。
Fcitx输入法调用前端需要有ui动态库的支持，而在fcitx的安装目录下面没有找到相应的ui动态库，自然找不到可用前端。Fcitx可使用的ui动态库主要是两个：fcitx-ui-classic和fcitx-ui-light。
安装就可以了。
4.5 Xfce快捷键：
win键启动开始菜单：
Xfce下的开始菜单是一个叫：Whisker Menu的插件，最新版1.22已经支持快捷键。添加它的源，安装最新版，在快捷键选项中添加：xfce4-popup-whiskermenu并绑定到Win键上。
4.6 字体设置
参考金步国先生所写的《Linux系统字体设置》。
4.7 音乐播放器
在使用依靠GStreamer 的播放器时，有时会出现解码错误。最后选择使用DeaDBeeF，支持中文格式，支持绝大多数音乐格式（包括mp3, ogg vorbis, flac, ape, wv, wav, m4a, mpc, tta等），速度很快。