POJ1699 Best Sequence（AC自动机+状压DP）

题目，求包含所有的给定的n个DNA片段的序列的最短长度。

AC自动机上的DP题。

• dp[S][u]表示已经包含的DNA片段集合为S，且当前后缀状态是自动机第u个结点的最短长度
• dp[0][0]=0
• 我为人人+队列轻松转移。。

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<queue>
#include<algorithm>
using namespace std;
#define INF (1<<30)
int tn,ch[222][4],fail[222],flag[222];
int idx[128];
void insert(char *s,int k){
    int x=0;
    for(int i=0; s[i]; ++i){
        int y=idx[s[i]];
        if(ch[x][y]==0) ch[x][y]=++tn;
        x=ch[x][y];
    }
    flag[x]|=(1<<k);
}
void getfail(){
    memset(fail,0,sizeof(fail));
    queue<int> que;
    for(int i=0; i<4; ++i){
        if(ch[0][i]) que.push(ch[0][i]);
    }
    while(!que.empty()){
        int x=que.front(); que.pop();
        for(int i=0; i<4; ++i){
            if(ch[x][i]){
                que.push(ch[x][i]);
                fail[ch[x][i]]=ch[fail[x]][i];
                flag[ch[x][i]]|=flag[ch[fail[x]][i]];
            }else ch[x][i]=ch[fail[x]][i];
        }
    }
}
struct Node{
    int s,x;
    Node(int _s,int _x):s(_s),x(_x){}
};
int d[1<<10][222],vis[1<<10][222];
int main(){
    idx['A']=0; idx['C']=1; idx['G']=2; idx['T']=3;
    int t,n;
    char str[22];
    scanf("%d",&t);
    while(t--){
        tn=0;
        memset(ch,0,sizeof(ch));
        memset(flag,0,sizeof(flag));
        scanf("%d",&n);
        for(int i=0; i<n; ++i){
            scanf("%s",str);
            insert(str,i);
        }
        getfail();
        for(int i=0; i<(1<<n); ++i){
            for(int j=0; j<=tn; ++j) d[i][j]=INF;
        }
        d[0][0]=0;
        memset(vis,0,sizeof(vis));
        vis[0][0]=1;
        queue<Node> que;
        que.push(Node(0,0));
        while(!que.empty()){
            int s=que.front().s,x=que.front().x; que.pop();
            for(int i=0; i<4; ++i){
                int ns=s|flag[ch[x][i]],nx=ch[x][i];
                if(d[ns][nx]>d[s][x]+1){
                    d[ns][nx]=d[s][x]+1;
                    if(!vis[ns][nx]){
                        vis[ns][nx]=1;
                        que.push(Node(ns,nx));
                    }
                }
            }
            vis[s][x]=0;
        }
        int res=INF;
        for(int i=0; i<=tn; ++i){
            res=min(res,d[(1<<n)-1][i]);
        }
        printf("%d
",res);
    }
    return 0;
}