安装conda
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##-c 表示断点续传
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
添加频道
conda config --add channels
官方频道
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
北外镜像频道
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/conda-forge/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
删除频道
conda config --remove channel1
配置环境
conda create -n X X表示创建的小环境的文件的名称
修改创建的环境
conda create -n X1 --clone X2
启动conda小环境
[huweichang@ln02 ~]$ conda env list # conda environments: # base * /public-supool/home/huweichang/miniconda3 mq /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq py2 /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2 python2 /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2 [huweichang@ln02 ~]$ conda activate py2 (py2) [huweichang@ln02 ~]$ conda env list # conda environments: # base /public-supool/home/huweichang/miniconda3 mq /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq py2 * /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2 python2 /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2
删除已配置的小环境及安装的包
conda remove -n X --all
安装指定版本
多个软件一块安装
conda install -y multiqc fastp
查看当前环境安装的软件
conda list
查看符合正则表达式的软件
conda list fast*
查看指定环境的软件
conda list -n mq
升级安装的软件
conda update fastqc
删除特定环境下的特定软件
conda remore -n mq maxquant
conda会提醒是否升级,但是一般不影响使用就不用管他
conda update conda
conda常见命令
版本控制和转移