Application Pool分开是基本前提，另外的麻烦是web.config文件冲突
ASP.NET的web.config具有继承机制，站点使用2.0而虚拟目录使用1.1时仍然这样处理，所以虚拟目录1.1的应用程序启动时会报错误，无法处理站点2.0的web.config文件，例如connectionString节点等
解决方法：
修改C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322\CONFIG\machine.config文件，例如解决1.1虚拟目录无法处理connectionString节点，则在machine.config的configSections中添加下面节点，让1.1的应用忽略connectionString这个节点:
<section name="connectionStrings"
type="System.Configuration.IgnoreSectionHandler, System, Version=1.0.5000.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089"
allowLocation="false" />
对于其它属性，则只能删除（例如xmlns属性等），或者采用1.1、2.0都能统一处理的格式（例如pages的pageBaseType属性值等）