参考文章：
http://www.fmddlmyy.cn/text21.html
http://www.cnblogs.com/duguguiyu/archive/2008/06/29/1231852.html ---入门介绍
https://www.ibm.com/developerworks/cn/aix/library/au-aix-graphviz/index.html
1 Doxygen简介
1.1 What to do?
使用Doxygen生成文档，主要是两件事：
- 写一个配置文件（Doxyfile），一般用Doxywizard生成后，再手工修改[不建议使用，不直观，比较麻烦]。或者可以用辅助的GUI工具帮助书写，你只需要改几个选项，点几下按钮就可以了（在下面有介绍）。
- 按照Doxygen的约定，将代码“文档化”。
如果已经有配置文件（Doxyfile），执行命令：doxygen Doxyfile，就会输入文件、输出目录、参数等都是在Doxyfile中配置好的，在/doc/html/index.html中查看。
1.2 What you want?
Doxygen的输出格式主要有HTML、LATEX、RTF等：
- Doxygen在输出HTML文档时，可以自动准备用于制作CHM的项目文件（.hhp）、目录文件（.hhc）和索引文件（.hhk）。用HTML Help Workshop中的CHM编译器（hhc.exe）编译后生成CHM文件。
- Doxygen在输出LATEX文档的同时准备了转换到pdf格式的makefile。只要系统安装了合适的TEX工具，就可以从LATEX文档生成pdf文档。
- Doxygen输出的RTF格式，已经针对Word作了优化，可以较好地转换到Word文档。
1.3 install
如果你电脑里可能还没有doxygen，我们先来安装一下：
sudo apt-get install doxygen doxygen-gui //就是上面提到的GUI，不用再写Doxyfile,用GUI工具。
[sudo] password for wj: Reading package lists... Done Building dependency tree Reading state information... Done The following package was automatically installed and is no longer required: libopencc1 Use 'apt-get autoremove' to remove it. Suggested packages: doxygen-doc The following NEW packages will be installed: doxygen-gui 0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 354 not upgraded. Need to get 279 kB of archives. After this operation, 671 kB of additional disk space will be used. Get:1 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/universe doxygen-gui amd64 1.8.6-2 [279 kB] Fetched 279 kB in 0s (291 kB/s) Selecting previously unselected package doxygen-gui. (Reading database ... 264559 files and directories currently installed.) Preparing to unpack .../doxygen-gui_1.8.6-2_amd64.deb ... Unpacking doxygen-gui (1.8.6-2) ... Processing triggers for man-db (2.6.7.1-1ubuntu1) ... Setting up doxygen-gui (1.8.6-2) ...
总之，主要是doxygen本体和它的gui模块。如果你不确定，请用这个查一下。
j@wj-Inspiron-5437:~$ apt-cache search doxygen-gui
doxygen-gui - GUI configuration tool for doxygen
拿以难读著称的lsd-slam举个例子。
[1]首先，建个文件夹，把lsd-slam的代码拷下来：
git clone https://github.com/tum-vision/lsd_slam.git
[2]在该文件夹下开一个doc文件夹，把一会儿生成的文档放里头：
mkdir doc;
cd doc
[3]输入doxywizard调出gui面板。
wj@wj-Inspiron-5437:~/Downloads/lsd_slam/doc$ doxywizard
然后就会出一个面板啦...
step1---Wizard
1.“Project”：
[1]Doxygen工作目录填写，即doc所在路径。
[2]Project name那些东西随意，可以不设。
[3]重要的是源代码目录source code directory，请把它设到lsd_slam_core/src下，并钩上Scan recursively，表明我们要扫描子文件夹。
[4]输出文件夹设成当前目录./即可,也就是/home/wj/Downloads/lsd_slam/doc
2.进入下一个版块“Mode”,点“Next”。选择All Entities，可以输出相对完整的功能，是否包含源代码看自身情况;在下面选择好自己的语言，既然咱们用c++，保持默认的就可以了。
3.“Output”：如果你需要输出chm格式，勾选chm,没有要求的话html就可以了
4.Diagrams：选择使用GraphViz包，来输出UML，GraphViz包可以帮助建立一些树状视图。
step2---Expert
需要首选确定你所输出的语言，很重要的是INPUT_ENCODING项，如果使用的为微软默认字符集请填写GBK，不然目录乱码,当前选择UTF-8，输出语言选择的是Chinese.
......以上的配置基本情况下就可以啦，剩下的就不在这里赘述了，感兴趣可以参考：http://www.cnblogs.com/chenyang920/p/5732643.html
step3---Run
准备工作完成啦！切到Run，点“Run doxygen"，等文档生成完。然后点“show html output"，就可以在浏览器里看到文档啦。如果你下一次想直接看，直接打开doc/html/index.html就可以了！
看这个比看源代码效果更高哦！
附：原理图
2 Graphviz简介
Graphviz是一个图形可视化软件。Doxygen使用Graphviz生成各种图形，例如类的继承关系图、合作图，头文件包含关系图等。适用于大多数平台的二进制文件可以在 Graphviz 官网 上找到，AIX 二进制文件可以在 perzl.org 上找到。Doxygen使用了Graphviz的布局引擎dot，所以在文档中将其称作dot。
install
$ sudo apt-get install graphviz graphviz-doc //这样会安装dot语言的执行文件，执行文件路径在/usr/bin/dot
可以来个测试：
[1]自己创建一个test.dot (更多例子可以参见官方文档)---dot
digraph G { subgraph cluster0 { node[style=filled, color=white]; style=filled; color=lightgrey; a0->a1->a2->a3; label="process #1"; } subgraph cluster1 { node[style=filled]; color=blue; b0->b1->b2->b3; label="process #2"; } start->a0; start->b0; a1->b3; b2->a3; a3->end; b3->end; start[shape=Mdiamond]; end[shape=Msquare]; }
[2]执行命令：
$ dot -Tpng test.dot -o test.png //都是用来生成图片，选择其中一个即可。
$ dot -Tsvg test.dot -o test.svg
$ dot -Tpdf test.dot -o test.pdf
[3]结果：
