通过以下方式进行排查：
1、确定U盘是否真的有启动系统
2、分区是否已经标记为激活状态，尤其使用了Fdisk进行分区时，如果分区>=2时默认是不设置激活分区。
比如下面是通过Fdisk进行设置分区激活状态的操作：
#分区操作，指定为/dev/sda的硬盘
fdisk /dev/sda
#选择设置活动分区 Command (m for help): a
#选择第几个分区 Partition number (1-X): 1
#将操作写入磁盘 Command (m for help): w
参考：
http://www.syslinux.org/wiki/index.php?title=Common_Problems#Missing_Operating_System_.28mbr.bin.29