用药医嘱是医嘱中重要的内容，临床医师下达医嘱的惯例与计算机处理上有一些差异，主要表现在：
3.1.药物与药品区分
药物是某一类药品的统称，在临床上医务人员在给计算机人员讲解业务时，不会刻意告知其使用上的区分，但在实际使用中，他们都能在不同场合下使用合适的概念，且都能相互理解，这就造成了目前很多HIS在处理医嘱时存在缺陷。药物与药品的区别如下表：
药物 药品
注射用青霉素钾 注射用青霉素钾 80万u/瓶 石药集团
注射用青霉素钾 80万u/瓶 河北新张药股份有限公司
注射用青霉素钾 800万u/瓶 山东鲁抗医药股份有限公司
…
同一种药物，可能存在不同生产厂家、不同规格型号、不同价格的药品，而医生在下达医嘱时，一般不关心药品的规格（医保患者由于不同规格的药品可能存在费别上的差异时，医生会要求进行选择和指定某种药品），如果药房有多种规格的药品可供选择时，一般由药房的药剂师根据库存情况和药品批次情况进行调剂。
医生下达医嘱不指定具体药品的原由是：药品调剂的工作是由药剂师完成而不是医生完成。另外一旦药房某种药品供应停止，需要更换其他规格的药品时，对医生下达的医嘱不会造成影响。
HIS中医嘱处理系统应能够根据医生下达的药物医嘱，自动从药房中选取配对的药品作为缺省供应药品，同时允许医生、护士或药剂师改变配选药品。同一种药品由于不同批次进价不同，还可能存在不同零售价格，记账时系统应能够按照“近效期优先”的原则，自动处理多批次药品记账和扣库存。
3.2.医嘱中分组处理
用药医嘱中，允许对药品进行分组，同组药品执行时，采用相同的给药途径和使用次数。
在手工书写医嘱时，分组医嘱中的各种药物是捆绑在一起的，不允许单独停、改、加某种药品。必须先停该组用药，再新开一组用药。计算机处理医嘱录入时，也应遵守这个规范，但在客户操作时，可以采取更简便的方式来完成，如在一组药品中，直接停、改、加某种药品，系统能够在保存时，自动停原来的医嘱，重新下达一组新医嘱。
在录入一组医嘱时，只需要录入第一个药品的用法，后续的药品不需要录入相同内容，也不允许录入，但允许填写用药说明。
3.3.医嘱中药品费用处理
医嘱中药品费用的处理涉及下面几个方面的内容：
3.3.1.药品品种选择
医生下达医嘱后，药房可能有多种药品满足同一种药物的需要，如庆大霉素注射液有8万u/支和4万u/支两种规格，同样是8万u/支，又有鲁抗制药2.7元/支和南京制药3.2元/支两种价格，这种情况下，系统应能够：
1、允许药房对庆大霉素注射液这种医嘱，缺省指定供应药品，当录入医嘱时，系统自动选择缺省供应药品；
2、自动根据单次用药剂量，选择最合适的药品作为供应药品；
3、系统根据库存，当供应药品库存不足时，自动选择近效期的药品作为供应药品；
4、允许医生、护士更改系统指定的供应药品，同时记录该药品为指定药品；
5、允许药剂师重新调配药品，重新指定，同时记录该药品为药剂师调配药品；
6、无论是系统自动指定还是操作员指定，均同时自动计算费用，但不记账；
7、在药房发药确认时，根据最后确定的供应药品进行记账扣费和扣库存。
3.3.2.药品用量取整
当单次用量不是药品包装剂量的整数倍时，系统应能够根据药品取整原则，自动计算药品数量，同时运行医生、护士、药剂师进行修改。取整运算包括：
1、单次取整；
2、单日取整；
3、指定天数取整，如一周（7天）取整等；
4、住院期间取整。
这种情况主要用于处理类似于胰岛素、小儿用液体等情况。
3.4.医嘱中处方处理
医嘱中处方处理包括两方面：
3.4.1.中草药处方
中草药处方是医嘱的组成部分，按付计算价格。处理时除与处方关联外，其他同一般西药药品。
中草药处方在生成取药单时，必须按单付计算数量，然后再按说明付数，决不能同西药药品一般，将单次数量乘以付数得到总数量，否则药房无法抓药。
3.4.2.根据医嘱生成处方
在部分医院，药房管理是按处方模式管理，医生下达医嘱后，必须再开具相应药品的处方，并凭处方计费和取药。在这种情况下，系统应能够根据医嘱自动生成处方，生成原则是：
1、同一组药品必须开在一个处方内；
2、尽量按口服药品、针剂药品、外用药依次开，一张处方不超过5种药品；
3、 殊药品单独处方，包括精神药品、毒性药品、麻醉药品、放射药品。
收费处凭处方计价、扣费，药房凭处方发药，处理流程和管理办法无特殊。