90年代中后期，随着计算机硬件、软件和网络技术的进步，医院信息化建设也逐步从单机阶段向网络化方向发展。这一阶段的主要特征体现在：网络投入使用、独立服务的关系数据库、业务模式成型、信息局部共享、应用产生效益。其中独立服务的关系数据库是随着网络和软件计算发展而普及应用的，相对于平面数据库，其在数据的管理规模、关联性和一致性、性能和使用便捷性等方面都有质的飞跃，也奠定了医院信息化后续十多年的数据管理基础，截止到今天医院管理信息系统的数据管理仍然以关系数据库服务为主。
严格来讲平面数据库也是关系数据库的一种，为了简便区分，我们把提供独立服务的关系数据库管理系统，如MSSQL等称为关系数据库，把Foxpro等称为平面数据库。
这一阶段最大特点是由于网络开始投入使用带来了一系列的变化，首先网络线路采用同轴电缆的以太网技术，同时将多台客户端PC连接到服务器，服务器前期多采用Netware和UNIX操作系统，后期多采用Windows NT，开始使用独立的关系数据库如MSSQL和SYBASE，软件功能基本都是面向管理的单个部门内业务开展，如门诊收费、住院收费、药品管理等。与单机版相比其业务模式已经比较成型，信息能够在使用部门实现共享，如门诊收费同时能够进行门诊药品的库存查询，甚至自动对门诊药房的药品库存进行预扣减等操作，在解决“跑、冒、滴、漏”和提高工作效率方面产生了积极作用。
在这个阶段由于受网络技术的限制，多采用同轴电缆为基础的总线型网络架构，所有PC和服务器连接在一个总线上，优点是结构简单、实施成本相对较低，但是同轴电缆最大的问题是任意一个节点出现问题，比如接触不良将导致整个网络瘫痪。当时系统管理员查网络故障点成了日常工作中的重中之重，故障维护成本非常高。网络拓扑图如下：
这个阶段的前期虽然进行了网络化，但应用系统仍然采用Foxpro的较多，由于平面数据库可以文件共享模式进行数据管理，所以服务器多采用Netware和UNIX操作系统。这个阶段的中后期，随着独立的关系数据库管理系统（DBMS）的普及，以MSSQL和SYBASE为代表的数据库管理系统在医院管理信息系统中的应用，服务器操作系统逐渐淘汰了Netware而直接使用Windows NT，既可以充当网络服务器也同时是数据库服务器。客户端PC也从最初的DOS向Windows31/97/98 se等版本升级，实现字符界面向图形化界面转变，伴随这种转变鼠标操作成为重要技能之一。
随着Windows操作系统向客户端的普及，这个阶段的软件开发工具和理论有飞速发展。模块化设计、瀑布式开发、面向对象设计（OOP）等软件设计理念都是在这个阶段得到快速应用和实践。技术变化最大特征在2个方面的转变，一个是客户端界面从字符界面向图形化界面转变，一个是平面数据库向关系数据库转变。
图形化界面转变是伴随Windows操作系统普及而产生的，同时带来了开发工具的巨大飞跃，以VB、PowerBuilder、Delphi为代表的可视化开发工具涌现，形成了开发工具百花齐放的局面。应用开发最多、生命力最强的还属Sybase公司的PowerBuilder，直到今天还有一些HIS公司的主打产品仍然在使用。
平面数据库向关系数据库转变，彻底改变了医院管理信息系统中的数据组织和管理模式。以SYBASE和MSSQL为代表的数据库管理系统，由于部署和管理简单，尤其是MSSQL的可视化管理界面、与Windows系统紧密结合等优势，很快在医院管理信息系统中普及。关系数据库的普及同时也改变了软件的基本架构，在这个阶段也广泛采用了客户服务模式（Client/Server，C/S）的软件架构，客户端或数据库端封装业务逻辑，客户端软件通过数据库客户端接口与数据库服务交互。见下图：
