POJ 3691 AC自动机上的dp

 题目大意：

给定一些不合理的DNA序列，再给一段较长的dna序列，问最少修改几次可以使序列中不存在任何不合理序列，不能找到修改方法输出-1

这里你修改某一个点的DNA可能会影响后面，我们不能单纯的找匹配数，因为你找到了你也不一定有方法改变它 

这里用DP来解决

判断到第i位dna ， 之前dp值保存了前面dna所能到达的所有状态：

dp[i][j] 也就是用了前i个dna所到达的状态至少需要修改的值

从所有状态出发，经过AGCT4种情况到达下一个状态，只要下一个状态不为非法状态即可

过程中只要判断你走的AGCT4种情况是否和当前字符相同，相同说明不用做出改变，即+0 ， 否则+1，不断进行更新

#include <cstdio>
#include <cstring>
#include <queue>
#include <vector>
#include <iostream>
#include <algorithm>
#include <map>
using namespace std;
#define clr(x) memset(x , 0 , sizeof(x))
#define set(x) memset(x , -1 , sizeof(x))
typedef long long LL ;

const int CHAR_SIZE = 4;
const int MAX_SIZE = 1005;
const int M = 10000 ;
int n,m,p;
int mp[256];

struct AC_Machine{
    int ch[MAX_SIZE][CHAR_SIZE] , val[MAX_SIZE] , fail[MAX_SIZE];
    int sz;

    void init(){
        sz = 1;
        clr(ch[0]) , clr(val);
    }

    void insert(char *s){
        int n = strlen(s);
        int u=0 ;
        for(int i=0 ; i<n ; i++){
            int c = mp[s[i]];
            if(!ch[u][c]){
                clr(ch[sz]);
                val[sz] = 0;
                ch[u][c] = sz++;
            }
            u = ch[u][c];
        }
        val[u] = 1;
    }

    void get_fail(){
        queue<int> Q;
        fail[0] = 0;
        for(int c=0 ; c<CHAR_SIZE ; c++){
            int u = ch[0][c];
            if(u){Q.push(u);fail[u]=0;}
        }
        while(!Q.empty()){
            int r = Q.front();
            Q.pop();
            val[r] |= val[fail[r]];
            for(int c=0 ; c<CHAR_SIZE ; c++){
                int u = ch[r][c];
                if(!u){ch[r][c] = ch[fail[r]][c]; continue;}
                fail[u] = ch[fail[r]][c];
                Q.push(u);
            }
        }
    }
}ac;

char str[1005];
int f[1005][MAX_SIZE];
int solve()
{
    memset(f , 0x3f , sizeof(f));
    f[0][0] = 0;
    int len = strlen(str) , ret=0x3f3f3f3f;
    for(int i=1 ; i<=len ; i++){
        int v = mp[str[i-1]];
        for(int j=0 ; j<ac.sz ; j++){
            for(int k=0 ; k<CHAR_SIZE ; k++){
                if(!ac.val[ac.ch[j][k]]){
                    f[i][ac.ch[j][k]] = min(f[i-1][j]+(v==k?0:1) , f[i][ac.ch[j][k]]);
                }
            }
        }
    }
    for(int i=0 ; i<ac.sz ; i++){
        ret = min(ret , f[len][i]);
    }
    if(ret == 0x3f3f3f3f) return -1;
    else return ret;
}

int main()
{
   // freopen("in.txt" , "r" , stdin);
   // freopen("out.txt" , "w" , stdout);
    mp['A'] = 0 , mp['G'] = 1 , mp['C'] = 2 , mp['T'] = 3;
    int cas = 0;
    while(scanf("%d" , &n),n){
        ac.init();
        for(int i=1 ; i<=n ; i++){
            scanf("%s" , str);
            ac.insert(str);
        }
        ac.get_fail();
        scanf("%s" , str);
        printf("Case %d: " , ++cas);
        printf("%d
" , solve());
    }
    return 0;
}