thinking more after reading. Don't just read the papers.
in addition, at begining, you'd better focus on abstract, introduction and discussion. little by little, spend more time on materials and methods.
Don't note down when you are reading. but you can write some comments after your reading on what the authors did and what the results contributed to.
读文章先看摘要，感觉有意思的文章从第一遍开始就应当精读（一定要打印下来），一边读一边划重点同时在文章旁边作标注，读完即写一个简单的小节在自己的实验记录中，把文章的主要思想描述一下，并写出自己读这个文章的收获，记下自己读这个文章时想到的外围的东西。
在读和自己研究方向有密切关系的文章同时，应当每月看一到两篇好的Review，这些Review可以涉及各个方面，主要是拓展知识面，以免过早的踏入一个过于狭小的空间，而且生物信息本来就是一个交叉领域，不经意的一点知识补充可能对自己的工作有意想不到的效果。
1.根据不同目的安排看paper的策略
看paper的主要目的有两种，一种的目的是浏览，以拓展知识面。另一种是针对某个方向，了解他人的研究进度。前者在放松的时候看，每几天看一次即可，或者根据期刊的发布时间看。看的时候粗略看看摘要，对特别有兴趣的再仔细读全文。而后者必须集中时间看，要有计划，并且分类的看。而且需要仔细看，最后对重要内容做标记，要用endnote等软件管理，以备之后反复查询。
2.刚刚进入一个新领域，如何抓住主要观点。
我的办法是首先到scholar.google上搜索关键词。因为scholar.google上对关注程度有一个排序。凡是排在前面几篇都是用户点击和搜索次数最多的（尽管不一定是引用次数最多的）。这个排序的设计非常的巧妙，它会告诉你在这个领域中大家最关心哪些paper，你应该着重看哪些paper。
之后要看reviews。其中重磅级别的reviews当然是不容错过的。而大多数的低IF期刊上的reviews不必要看，除非你已经在这个领域有了一定水平的认识。毕竟review中总是有作者本人的倾向性，特别是某些争论激烈的方向，如果自己没有一定的认识，很容易在一开始的时候就被误导了。另外低IF上的reviews有很多是灌水的。当然某些该领域的大牛发的“小文章”也是一定要看的。特别是那些最初发现者回忆他们当初的研究历史相关文章，会让你一下子就清楚这个领域是如何发展起来的。当然这类对研究历史的reviews，往往都不会发在太好的journal上。
再之后就是“海选”。大量读相关的paper，注意paper之间的引用，以及它们之间的关系和逻辑。很多时候，提出和发现一个重要问题远比解决一个小问题重要得多。paper之间的关系有的时候会告诉你作者当初是如何思考和提出问题的。
此外还要看作者。在看了数篇重要文章之后，就应该对该领域的牛人有个了解。应该大致了解这些牛人各自的研究方向和倾向。对于这些牛人写的reviews，即使是发在一般的杂志上，也应该非常注意。因为许多牛人会给他们自己所在的研究单位“面子”，写一些约稿。
当然也不要迷信一些牛刊。比如某些刊物，比如PNAS，其中许多的paper是定稿的，质量不一定有所保证。还有的刊物本来就是鼓励新idea或者是学术争议的观点，比如trends in genetics，上面的文章也许真的开辟了新的方向或者揭示了重要问题，但也有很多根本就是异想天开的。
3.千万不要在一开始就有主观倾向。
许多paper，为了说明自己研究的独到之处，往往有一些比较偏激的想法。每个研究者都在不择手段地宣称自己的研究有多么多么重要。还有
许多文章，从一开始就是非常有倾向性的，甚至某些CNS的paper也不例外。如果对某个方向还不是很熟悉，千万不要盲从人家的结论，对于有争议的论点，切记不要仅仅读上十多篇paper就下结论。经常读paper人会有这样的感觉，当你读到十几篇的时候你所得到的结论和你读到几百篇以后得到的结论往往是非常不同，甚至是完全相反的。也经常在做了大量的工作都失败了以后才恍然大悟，自己的想法在一开始实验的时候就被误导了。
3.集中时间看paper
如果不是浏览，而是向具体看某个方向，集中时间是非常必要的。我是从邹承鲁院士的一个文章中得到这个idea的。其实各位经常读paper都会有这个体会。就是短期内读同一类的文章，在读过之后就会把paper之间的内容互相联系起来。就不太容易忘掉。而分散着看，就很容易忘掉。
4.一定要看Comment
Comment上说的都是大牛的idea。有Comment的文章是精华，而Comment本身就是精华中的精华。
5.分类和整理。
如果是一个比较大的领域，比如研究某个元件结构。可能就要有算法上的，生物学功能上的，遗传上的，发育上的，病理上的，生化上的，细胞上的，代谢上的等等诸多方向。这些不同的类别其研究思路和方法有很多不同，而且很好互相区分开来。读者只是看看标题就可以分辨开，在读文章之前，首先分类整理，之后再一类一类的读。会让你感觉很清晰。不至于因为太混乱了导致根本就什么都没看明白。不同类的paper应该存到不同的文件夹里。以备以后写论文或者发表的时候便于查找。
6.要多讨论
同一篇文章，不同人看了，会有不同的感受和ideas。很多时候，别人的一句话会让你一下子得到一串的ideas。很多的时候，你所想的问题其实别人早就已经有答案了。还有很多的时候，你自己并没有意识到你的想法或者思考问题的角度根本就是有严重偏差的。和别人讨论是一种乐趣，也是非常重要的一步。
进新领域时一定要大量读文章，泛读＋精读几十篇文章是起码的要求。可以开始从google scholar和PubMed搜，刚搜出来的文章不要太急着看细节，而要顺藤摸瓜找出关键的综述。一般paper在introduction都有mini review，里面会引其它review，这个要重点查找。这种方法是向前，最好还有向后查找，看看本文章被引用的情况。我的推荐是用ISI。hubmed和其他网站也有，但我更习惯于ISI。另外，建议熟悉PubMed的高级搜索，能节省很多时间。
刚进一个小领域，一定要尽可能的把相关文献都收集全面，尽可能做到重要文章一篇不漏。注意，这里说的是"小"领域，比如构建进化树的某一类提高，某一种特殊比对，芯片分析的某种特定方法。想把phylogenetics/microarray/bioinformatics这种大领域的文章看完是不可能的。
多看一些review文章，会有很大的提高的，它会介绍一些基本知识及技巧