GATK 在官网中提供了resource bundle,里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Google Cloud bucket 2种下载方式,由于用不了Google,推荐使用FTP
GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据,提前安装lftp,本次使用root 权限安装
yum -y install lftp #Redhat 系列
进入bundle:
lftp ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/
密码为空的,直接敲回车
get 命令: 选择文件
mget 命令: 通配符
mirror 命令:下载文件夹
mirror hg38