在Ubuntu下RDkit 的安装

在Ubuntu下RDkit 的安装

1.到官网http://www.rdkit.org/下载 .tgz包。我下的是RDKit_2011_03_2.tgz（开始下了一个2012的，不好配置，所以没有安装上，从下了一个2011的版本）

2.解压后放到一个目录下：我的在/home/wo/software中

3.从“新立得”安装cmake,flex,bison,sqlite3,python_dev,pytohn_numpy软件包。

4.也从“新立得”安装boost包，有boost-python,boost-thread,boost-regex.

5.设置环境变量，在终端输入gedit ~/.bashrc 。写入：

export RDBASE=/home/wo/software/RDKit_2011_03_2.tgz

export PYTHONPATH=$RDBASE

export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib

6.在终端输入：cd $RDBASE

                       mkdir build

                       cd build

                       cmake ..(注意“..”)

7.完成后，继续输入make，之后输入make install 就装完了。

8.在build终端中输入ctest看是否安装完全。

测试：把化学分子的smiles转换为分子结构。

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import Draw

 

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):  

    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)

    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'

    mol_name = mol_name + '.jpg'

    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

 

if __name__ == '__main__':

    depict_pic(mol_name = 'test')

在python运行，如果有分子图片产生，说明RDkit安装成功。