Needleman-Wunsch（In 1970） 算法是用于全局的比对。Smith-Waterman算法是1981年Smith和Waterman提出的一种用来寻找并比较具有局部相似性区域的动态规划算法，很多后来的算法都是在该算法的基础上发展的。这是一种两序列局部比对算法，把两条未知的序列进行排列，通过字母的匹配，删除和插入操作，使得两条序列达到同样长度，在操作的过程中，尽可能保持相同的字母对应在同一个位置。当两条序列进行比对时，找出待比对序列中的某一子片段的最优比对。这种比对方法可能会揭示一些匹配的序列段，而本来这些序列段是被一些完全不相关的残基所淹没的。
算法：
2. Osamu Gotoh (1982). "An improved algorithm for matching biological sequences". Journal of molecular biology. 162: 705–708. doi:10.1016/0022-2836(82)90398-9.
3. Jump up to:a b c d Stephen F. Altschul & Bruce W. Erickson (1986). "Optimal sequence alignment using affine gap costs". Bulletin of Mathematical Biology. 48: 603–616. doi:10.1007/BF02462326
4. Jump up to:a b c Miller, Webb; Myers, Eugene (1988). "Optimal alignments in linear space". Computer applications in the biosciences. 4: 11–17. doi:10.1093/bioinformatics/4.1.11.
5. Saul B. Needleman; Christian D. Wunsch (1970). "A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins". Journal of Molecular Biology. 48: 443– 453. PMID 5420325. doi:10.1016/0022-2836(70)90057-4