1. PDFTeX程序：Tex语言的一个实现，也就是把Tex语言转换为排版的一个程序。它会把TeX 语言写的代码直接编译成 PDF文件。
2. PDFLaTeX命令：PDFTeX程序中的命令，用来编译用LaTeX格式写的tex文件。
3. XeTeX程序：TeX语言的新的实现，即把Tex语言转换为排版的一个新程序。支持Unicode编码和直接访问操作系统字体。
4. XeLaTeX命令：XeTeX程序中的命令，用来编译用LaTeX格式写的tex文件。
简单来说，PDFLaTeX和XeLaTeX是两种编译TeX文件的命令。以上这些内容，详细的介绍在这里：http://www.linuxidc.com/Linux/2013-09/90330.htm。两者最大的区别是：XeLaTeX对应的XeTeX对字体的支持更好，允许用户使用操作系统字体来代替TeX的标准字体，而且对非拉丁字体的支持更好。详情请查看这里的解释：http://stackoverflow.com/questions/15796519/difference-between-xelatex-and-pdflatex
但是凡事有利就有弊，我在实际使用过程中发现，使用XeLaTeX编译，如果说论文中有很图片或者其他元素没有嵌入字体的话，生成的PDF文件也会有些字体没有嵌入。相反，由于PDFLaTeX使用的是TeX的标准字体，所以生成PDF时，会将所有的非TeX标准字体进行替换。所以，使用PDFLaTeX生成的PDF文件默认嵌入所有字体，这给我们的论文排版带来了极大的方便。建议大家根据自己的需要选择合适的程序。